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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000887

染色体: Chr01 坐标: 18928523-18933650 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000887
名称SmilChr01G000887
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20740-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向18928523 - 18933650 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006868
GeneID131006868
locus_tag-
NCBI NameLOC131006868
原始查询SmilChr01G000887

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20740-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20740-like
ArabidopsisAT4G20740 (EMB3131)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827823]
identity=55.6; qcov=0.995; evalue=1.01e-169; confidence=high
RiceOs07g0179000 (OJ1361_E02.121)
-
identity=46; qcov=0.986; evalue=4.67e-137; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006868

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057790001.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057790001.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790001.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790001.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790001.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:18932940 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C6
Chr1:18932940 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C6
Chr1:18933025 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C20
Chr1:18933025 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 1 C20
Chr1:18933038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790001.1
439 aa
N
1
220
439
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
TPR_24
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
C
PF13812 PPR_3 7-52 aa PF13041 PPR_2 8-56 aa PF01535 PPR 12-40 aa PF12854 PPR_1 41-72 aa PF13041 PPR_2 43-90 aa PF01535 PPR 47-75 aa PF12854 PPR_1 110-139 aa PF01535 PPR 117-139 aa PF23276 TPR_24 154-244 aa PF13041 PPR_2 219-260 aa PF01535 PPR 221-247 aa PF01535 PPR 291-313 aa PF13041 PPR_2 328-372 aa PF12854 PPR_1 355-387 aa PF01535 PPR 361-390 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790001.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 7 52 6.8e-21 74.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790001.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 8 56 1.4e-52 176.3 PPR repeat family
XP_057790001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 12 40 2.2e-41 137.9 PPR repeat
XP_057790001.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 41 72 6e-39 132.2 PPR repeat
XP_057790001.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 43 90 1.4e-52 176.3 PPR repeat family
XP_057790001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 47 75 2.2e-41 137.9 PPR repeat
XP_057790001.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 110 139 6e-39 132.2 PPR repeat
XP_057790001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 117 139 2.2e-41 137.9 PPR repeat
XP_057790001.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 154 244 8.5e-19 68.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057790001.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 219 260 1.4e-52 176.3 PPR repeat family
XP_057790001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 221 247 2.2e-41 137.9 PPR repeat
XP_057790001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 291 313 2.2e-41 137.9 PPR repeat
XP_057790001.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 328 372 1.4e-52 176.3 PPR repeat family
XP_057790001.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 355 387 6e-39 132.2 PPR repeat
XP_057790001.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 361 390 2.2e-41 137.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009095800.1
TTCCTACATTTTTTTATTCTTTGATGGATCAGGCAAACAGAAGGGCTATAGGCATGATTTCGCCTGTTACAATGCTTTTGCTTACTTTTTGAATCGGGCAAATCACTTTCGCGCCGCTGATCAGGTGCCTGAATTGATGCATATGCAAGGGAAGCCACCTACTGAGAAACAATTTGAAATCTTGATCCGGATGCATGCTGATGCTAAAAGGGGTCTGAGGGTACACTATGTGTATGAGAAAATGAAGAAATTTGGTGTGA...
XM_057934018.1
TTCCTACATTTTTTTATTCTTTGATGGATCAGGCAAACAGAAGGGCTATAGGCATGATTTCGCCTGTTACAATGCTTTTGCTTACTTTTTGAATCGGGCAAATCACTTTCGCGCCGCTGATCAGGTGCCTGAATTGATGCATATGCAAGGGAAGCCACCTACTGAGAAACAATTTGAAATCTTGATCCGGATGCATGCTGATGCTAAAAGGGGTCTGAGGGTACACTATGTGTATGAGAAAATGAAGAAATTTGGTGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006868
ATGAGGAAGAATCTGTCCAAGCCAGATGTGTTTGCATACACGGCTATGGTAAAGGTGTTGATCTCAGAAGGAAATTTGGATGGTAGTTTAATGGTGTGGGAGGAGATGCTAAAGGATCGCATCATTCCAGATGTCATGGCCTATACAACTTTGGTCATGGCGCTTTGTACAGGTAACCGTGTTGACAAAGGTTACGAATTGTTTAAGGAGATGAAAGAGAGAAATTATTTGATAGACAGGGCCGTTTATGGATCTCTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790001.1
MRKNLSKPDVFAYTAMVKVLISEGNLDGSLMVWEEMLKDRIIPDVMAYTTLVMALCTGNRVDKGYELFKEMKERNYLIDRAVYGSLVEAYVVDEKVGLACGLLKDLLESGYRADLPIYNSLIKGLCTAKKVDRAYKLFHVTVREDLQPEFDTVNPILVSYAESKRMKEFCKLLEQMQKLGLSVTEDLARFFSGLVEREDGVVVALEVFEHLKTKKYLSVPVYNTLMEALLKNGEEKKALALFHELNELDLVPDSSTYSNA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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