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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000900

染色体: Chr01 坐标: 19063007-19063716 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000900
名称SmilChr01G000900
描述uncharacterized SmilChr01G000900
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向19063007 - 19063716 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006878
GeneID131006878
locus_tag-
NCBI NameLOC131006878
原始查询SmilChr01G000900

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006878

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790010.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057790010.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790010.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790010.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790010.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:19063097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:19063098 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 18 A2,A8,B130,B135,B137,B139,B140,B39,B45,B61,B66,B73,C11,C32,C51,C54,D4,D9
Chr1:19063102 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 25 A18,A2,A25,A8,B108,B111,B130,B135,B137,B139,B140,B39,B45,B61,B66,B70,B73,C11,C32,C51,C54,C79,C87,D4,D9
Chr1:19063160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B64,B8,C36
Chr1:19063185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:19063186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:19063193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:19063245 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 14 B108,B111,B126,B18,B44,B64,B73,B95,C49,C51,C60,C62,C70,C79
Chr1:19063248 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 14 B108,B111,B126,B18,B44,B64,B73,B95,C49,C51,C60,C62,C70,C79
Chr1:19063285 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 9 B108,B119,B126,B18,B73,B95,C49,C70,C79
Chr1:19063291 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 10 B108,B119,B126,B18,B73,B95,C49,C62,C70,C79
Chr1:19063308 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 C49,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934027.1
TTGGCATCCCATTGCTCATTCATTCACAACTTTACAATGAAACCAAAGGCCATCCCCCAAACTGATGTATTCTACAAACCGCCATGGTCGCGGCCAATTGAGCTTCTTGTCTTAGTAAAATTGGATTGTGCTCGAACAGCTGGAAAATGGGTGCCCGGAGATGATGTTGGCAATCAGGCGGTGATTGACAGTGTTTGTGATGAGTTAACAGATCACCCATTCTTGTTGCAGATTTATAAACAACAGTATCATCAAAAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006878
ATGAAACCAAAGGCCATCCCCCAAACTGATGTATTCTACAAACCGCCATGGTCGCGGCCAATTGAGCTTCTTGTCTTAGTAAAATTGGATTGTGCTCGAACAGCTGGAAAATGGGTGCCCGGAGATGATGTTGGCAATCAGGCGGTGATTGACAGTGTTTGTGATGAGTTAACAGATCACCCATTCTTGTTGCAGATTTATAAACAACAGTATCATCAAAAGGTTATGGAATGGTGGTGTAGATTTTATCGTTTCCACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790010.1
MKPKAIPQTDVFYKPPWSRPIELLVLVKLDCARTAGKWVPGDDVGNQAVIDSVCDELTDHPFLLQIYKQQYHQKVMEWWCRFYRFHALLKDERTWFCSDTKRIFASELSWQAIAVENPKDLCYMEEGEANWDILYRLFYETLIYSDSDED

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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