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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000913

染色体: Chr01 坐标: 19345960-19346615 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000913
名称SmilChr01G000913
描述uncharacterized SmilChr01G000913
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向19345960 - 19346615 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006900
GeneID131006900
locus_tag-
NCBI NameLOC131006900
原始查询SmilChr01G000913

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830786]; symbol=AT5G09270; hit=AT5G09270; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830786]; symbol=AT5G09270; hit=AT5G09270; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G09270 (AT5G09270)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830786]
identity=54.6; qcov=0.815; evalue=2.97e-30; confidence=medium
RiceOs01g0861000
-
identity=69.5; qcov=0.496; evalue=2.74e-24; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006900

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057790032.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057790032.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057790032.1
4 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057790032.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790032.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:19345964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C82
Chr1:19345991 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 30 A21,A23,A7,B105,B106,B107,B109,B117,B125,B2,B37,B65,B67,B68,B69,B76,B81,B90,B91,B92,B95,C14,C17,C29,C34,C4,C41,C42,C48,D11
Chr1:19346188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:19346258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934049.1
ATGGCGACAAACCCAAATGCAGAAGAGCAGACACGTGGAACAGAAAATGAGCAAGAAGCAAAGCCTGTGCCTGTTGGGTGGTTACAGAAAATCGAAGAGCAGTATAGGAAAACCAAAGCACATGCTGAGGCTTACCCCTATGTATGGGGGTCTTATATTCTTGTATACGGAGGTTTTGGCCTATGGTTAACCTACAGGTGGAGAGTTCTACGCAACACTGAAGACAGAGTTCGAGCTCTTCAAGAGAGGATCCGCAAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006900
ATGGCGACAAACCCAAATGCAGAAGAGCAGACACGTGGAACAGAAAATGAGCAAGAAGCAAAGCCTGTGCCTGTTGGGTGGTTACAGAAAATCGAAGAGCAGTATAGGAAAACCAAAGCACATGCTGAGGCTTACCCCTATGTATGGGGGTCTTATATTCTTGTATACGGAGGTTTTGGCCTATGGTTAACCTACAGGTGGAGAGTTCTACGCAACACTGAAGACAGAGTTCGAGCTCTTCAAGAGAGGATCCGCAAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790032.1
MATNPNAEEQTRGTENEQEAKPVPVGWLQKIEEQYRKTKAHAEAYPYVWGSYILVYGGFGLWLTYRWRVLRNTEDRVRALQERIRKQNEEASSSAKVVERKVKYGSSTPKPPSIDKANK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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