Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000919`

染色体: Chr01 坐标: 19419939-19420906 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000919`
名称	SmilChr01G000919
描述	dirigent protein 2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	19419939 - 19420906 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006897`
GeneID	`131006897`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006897`
原始查询	`SmilChr01G000919`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dirigent protein 2-like
产物	dirigent protein 2-like
Arabidopsis	`AT5G42500` (AT5G42500) Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834257] identity=55.6; qcov=0.766; evalue=5.87e-55; confidence=high
Rice	`Os11g0180000` - identity=57.6; qcov=0.731; evalue=3.09e-56; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03018 (Dirigent)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057790028.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057790028.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790028.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790028.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790028.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:19420052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr1:19420058`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr1:19420071`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr1:19420118`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr1:19420180`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr1:19420325`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B66,C78,C8,D2
`Chr1:19420490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D11
`Chr1:19420544`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B107,B14,B44,C64,C66
`Chr1:19420588`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	46	A19,B119,B121,B125,B129,B134,B17,B2,B22,B24,B36,B38,B39,B50,B53,B54,B56,B59,B62,B64,B68,B76,B86,B87,B89,B90,B92,B96,C10,C12,C15,C19,C2,C20,C37,C43,C47,C49,C6,C71,C77,C81,C85,C87,C9,D3
`Chr1:19420591`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	25	A18,A21,B106,B107,B110,B117,B124,B16,B17,B18,B2,B37,B6,B60,B68,B8,B88,C11,C22,C4,C42,C48,C50,C67,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790028.1

197 aa

197

Dirigent

PF03018 Dirigent 58-194 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790028.1`	Pfam	`PF03018`	Dirigent	Family	58	194	9.7e-56	188.3	Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934045.1
AAATATACTCTCTCTCTCTGGATTCATGCATATAATATCTCAGTTAAAATGCAACTTTCAAGTTCAAAGAAAATGATCCCAAAGGAGTCCCACTTTTTTAAAATCCATTTACCTAAAAGTCCACTGAGGAAAAGCAAAAGTGCAACCATGCCATGAAAAAGGCTTATTTAAAGTCCTCCTACTCTCTCCTCCCTTCCCACCAACAAATGGCTACTCTCTTGGCCTTCTCCCTCATCCTTCTCTCCACGCATGCCATACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006897
ATGAAAAAGGCTTATTTAAAGTCCTCCTACTCTCTCCTCCCTTCCCACCAACAAATGGCTACTCTCTTGGCCTTCTCCCTCATCCTTCTCTCCACGCATGCCATACTCACCCATGCCAAATTTTCCGAGCAGTCCCTCGAAACGCAGACTGCTCACCGTGCCGAGAAGGTGAGCCATCTGCACTTCTACTTCCACGACATTGTGAGCGGGAAGAACCCGACTGCCATCGTGGTTGCAGGGACAAGAAACGTGTTTGGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790028.1
MKKAYLKSSYSLLPSHQQMATLLAFSLILLSTHAILTHAKFSEQSLETQTAHRAEKVSHLHFYFHDIVSGKNPTAIVVAGTRNVFGMTTIIDDPLTEGPEPGSKVVGRAQGVYTLSAKDGAALLMAITLVFQEGKYNGSSISILGSNQFLEAVREMPVVGGTGAFRFARGYALAKTNKFTVATGDAVVEYNVFVMHY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器