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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000923`

染色体: Chr01 坐标: 19564842-19569199 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000923`
名称	SmilChr01G000923
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 53
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	19564842 - 19569199 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006890`
GeneID	`131006890`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006890`
原始查询	`SmilChr01G000923`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 53
产物	zinc finger CCCH domain-containing protein 53
Arabidopsis	`AT5G12440` (AT5G12440) CCCH-type zinc fingerfamily protein with RNA-binding domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831119] identity=39.1; qcov=1.03; evalue=1e-107; confidence=medium
Rice	`Os07g0682400` (OsC3H53) - identity=49.1; qcov=1.08; evalue=8.23e-178; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF00642 (zf-CCCH); PF23182 (PABC_AtC3H46)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006890

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790019.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057790019.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057790019.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057790019.1`
5	P-body	P-body	0.20000	`XP_057790019.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:19565842`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr1:19566312`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C63,C67
`Chr1:19566337`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C62
`Chr1:19566700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,A7,B65,C49
`Chr1:19566795`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B7
`Chr1:19566795`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B7
`Chr1:19566797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B123,B130,B69,C48,C64
`Chr1:19566801`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	A4,B52
`Chr1:19566801`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	A4,B52
`Chr1:19566925`	`A`	`AAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	A5,B70,B83,C12,C49,C5,C52
`Chr1:19566953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr1:19566972`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790019.1

653 aa

326

653

PABC_AtC3H46

zf-CCCH

RRM_1

PF23182 PABC_AtC3H46 1-64 aa PF00642 zf-CCCH 243-264 aa PF00076 RRM_1 361-404 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790019.1`	Pfam	`PF23182`	PABC_AtC3H46	Domain	1	64	8.2e-34	116.4	AtC3H46 PABC domain
`XP_057790019.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	243	264	1.1e-05	25.9	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057790019.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	361	404	4.8e-07	30.3	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934036.1
TCACGATGTCCCACTACATCATACACATTCATATATTTATATGTATATTTCATTTCGTAGTCTTTTTTATTTAAAACAATTTGCGTAGTCTTTTTCAATTTCACCTCCACCCCCTATAATAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAATAACAAAAGGTGAAATAGTGGAAAAAAGAAGAGGGCTCGTCTCATTGAAATTTAAGTTGACAGCAATGAAATGAATTAAATGGTCCTGTGCCATCTACTGTTGCTGTCAAACTGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006890
ATGGATGCATACGAAGCAACAAAGATTGTTTTCCAAAGGATCCAAAATTTAGACCCTCAAAATGCCTCCAAAATCATGGGGTTTCTTCTAATTCAAGATCATGGCGAGAAAGAGATGATCCGCCTAGCCTTCGGCCCAGAATCTCTAATCCAGTCTGTAATCATTCAAGCCAAGAAAGAGCTGAATTTAGTAGCTTCATCAAACATGCCCTCAACTCCTCCAACTCCATCCTCCCCCTCACCCTTCAGCAACCCACTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790019.1
MDAYEATKIVFQRIQNLDPQNASKIMGFLLIQDHGEKEMIRLAFGPESLIQSVIIQAKKELNLVASSNMPSTPPTPSSPSPFSNPLSLSRQNSCSSASSRMIGGVNLPSPLSIANHSSTAPSSWTNSSNFSDFQTTDDLISPSTYNGSSPPSTMNSAAAPFYGGAEVDLIDELQLQDQLSFLNDGSPPLGPKSSDFYYQDLASSPTGTDPMLFWGGGGHRRSCSVSDICLGPDDLSGGFGWKPCLFYARGFCKNGTSCRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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