Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000926`

染色体: Chr01 坐标: 19638550-19641531 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000926`
名称	SmilChr01G000926
描述	uncharacterized SmilChr01G000926
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	19638550 - 19641531 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993934`
GeneID	`130993934`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993934`
原始查询	`SmilChr01G000926`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=25; qcov=0.748; evalue=9.2e-16; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=32.3; qcov=0.799; evalue=6.83e-34; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993934

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057774977.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057774977.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057774977.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057774977.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057774977.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:19638566`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr1:19638661`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C62
`Chr1:19638690`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr1:19638715`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,D11
`Chr1:19640889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr1:19640900`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A25,B53,B70,C39,C55
`Chr1:19640900`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A25,B53,B70,C39,C55
`Chr1:19640921`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,B54
`Chr1:19640946`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,D7
`Chr1:19640962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B68,B91,C87,D1
`Chr1:19640965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B68,B91,C87,D1
`Chr1:19640977`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B68,B91,C87,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774977.1

294 aa

147

294

SWIM

PF04434 SWIM 120-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057774977.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	120	150	2e-09	37.5	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057918994.1
ATGAAGCAAGAAAGTGAGGATGCCCATGATAATTTCCTTGAGAGGGGCCCTAACAAGTTCTGTAAGGCATTCATATCCCTATCTCCTGTTTGTGATATGATTGATAACAACGTATCCGAGACGTTTAATGGGTATGTTGTGAATGCTAGAGGTAAGCTTATCATATATATGCTTGAGGATATAAGATGCTCCTTAATGGAAAGGCAGGTTAAGAAGTTGAGTATTCTTGAAAATTGGAAAGATTCTATCTGCCTACAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993934
ATGAAGCAAGAAAGTGAGGATGCCCATGATAATTTCCTTGAGAGGGGCCCTAACAAGTTCTGTAAGGCATTCATATCCCTATCTCCTGTTTGTGATATGATTGATAACAACGTATCCGAGACGTTTAATGGGTATGTTGTGAATGCTAGAGGTAAGCTTATCATATATATGCTTGAGGATATAAGATGCTCCTTAATGGAAAGGCAGGTTAAGAAGTTGAGTATTCTTGAAAATTGGAAAGATTCTATCTGCCTACAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057774977.1
MKQESEDAHDNFLERGPNKFCKAFISLSPVCDMIDNNVSETFNGYVVNARGKLIIYMLEDIRCSLMERQVKKLSILENWKDSICLQIRKKLENLKMHSRNCQVHPAMGGKFEVHHHDDKFVVVIKSRTCTCRVWELNGIPCMHAIAALTFLKVDPVAYVHEYYTIKRYILAYAFGLESLYGKKMWPDVEGYTVLPPHIRRMPGRPKLKRKRDSDEVNPNDTNKLKKNGVTMTCRRKEVLEEFNLLTHEGQDRAVELLLKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器