Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000931

染色体: Chr01 坐标: 19724916-19729375 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000931
名称SmilChr01G000931
描述uncharacterized SmilChr01G000931
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向19724916 - 19729375 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006896
GeneID131006896
locus_tag-
NCBI NameLOC131006896
原始查询SmilChr01G000931

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006896

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790027.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790027.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790027.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790027.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057790027.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:19728763 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 41 A10,A16,A24,A4,B109,B117,B120,B137,B138,B140,B17,B21,B22,B23,B29,B32,B33,B40,B44,B46,B54,B57,B66,B78,B82,B93,C12,C31,C45,C5,C51,C53,C58,C61,C7,C71,C76,C78,C79,C8,D7
Chr1:19728765 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 36 A15,A19,A22,A5,A6,A9,B103,B110,B111,B118,B123,B124,B135,B139,B14,B16,B24,B54,B6,B65,B70,B77,B79,B8,B88,C18,C21,C22,C39,C55,C61,C67,C75,C80,C84,C85
Chr1:19728791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:19728792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:19728793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C61
Chr1:19728800 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 25 A21,A4,B112,B113,B115,B122,B130,B42,B43,B47,B68,B72,B78,C10,C27,C38,C42,C43,C48,C56,C6,C60,C63,C65,C9
Chr1:19728905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,C62,C65
Chr1:19728942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C62
Chr1:19728959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:19728965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:19728975 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A3
Chr1:19728975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009095805.1
GGCCCCTAGGCCCTTGCCCCTTTGGCCCTATGCAAGGGCCGGCCCTGCTTCTTCACCAGATGATGGGGTTATGCGTCATCCTGCAGATTCTCTAGCATGGAAGCACTTAAACACAATTTTTCCTGAATTCGCATCAGAGTGGTAAAATGTGAGACTAGGTCTTTCAACAGATGGTTTTCAACCCTTTGGGCAATCGGGAAAGCAATATTCATCATGACCGGTTATACTTACACCCCATAATTTGCCTCCTTGGTTGTGTA...
XM_057934044.1
GGCCCCTAGGCCCTTGCCCCTTTGGCCCTATGCAAGGGCCGGCCCTGCTTCTTCACCAGATGATGGGGTTATGCGTCATCCTGCAGATTCTCTAGCATGGAAGCACTTAAACACAATTTTTCCTGAATTCGCATCAGAGTGGTAAAATGTGAGACTAGGTCTTTCAACAGATGGTTTTCAACCCTTTGGGCAATCGGGAAAGCAATATTCATCATGACCGGTTATACTTACACCCCATAATTTGCCTCCTTGGTTGTGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006896
ATGATGATGATGTCTTTAAAGGAGGGAATTCCTATCAAGAAGTACGTGTATGATTCGTTTAGGACATTACATGTGAATAAAGATGGAACTTATACCTACAAGAAGGCTGAAGAAGTTTATACGAGAGTGAGGGAGATTGCCGAGCAGCAAGGAAAGAGTGCCGATTTGAGTCAGATATATGTGGATGAGATGATGGGAGGCCGCCTCGATAAGAAGCAGAGGATGTTCGGCACGAGTACCCTCGCACGAAGTCTCGTGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790027.1
MMMMSLKEGIPIKKYVYDSFRTLHVNKDGTYTYKKAEEVYTRVREIAEQQGKSADLSQIYVDEMMGGRLDKKQRMFGTSTLARSLVGGTSQTIPSQHVDARFDELQQQLQEEREHRLRLEESLRVTNEMFQQCMRSQQSRISGSRGSDLPGDNP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器