Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000933

染色体: Chr01 坐标: 19775261-19786182 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000933
名称SmilChr01G000933
描述protein transport protein SEC31 homolog B-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向19775261 - 19786182 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006885
GeneID131006885
locus_tag-
NCBI NameLOC131006885
原始查询SmilChr01G000933

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein transport protein SEC31 homolog B-like
产物protein transport protein SEC31 homolog B-like
ArabidopsisAT3G63460 (AT3G63460)
transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825521]
identity=59.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0657200 (OsWD40-148)
-
identity=55.3; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005198 (structural molecule activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0007029 (endoplasmic reticulum organization); GO:0030127 (COPII vesicle coat); GO:0070971 (endoplasmic reticulum exit site); GO:0090110 (COPII-coated vesicle cargo loading)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00400 (WD40); PF12931 (TPR_Sec16)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006885

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790015.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057790015.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.60000 XP_057790015.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057790015.1
5 Clathrin-coated vesicle Clathrin-coated vesicle 0.20000 XP_057790015.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790015.1
1122 aa
N
1
561
1122
WD40
WD40
TPR_Sec16
C
PF00400 WD40 123-157 aa PF00400 WD40 260-298 aa PF12931 TPR_Sec16 563-759 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790015.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 123 157 8.6e-11 42.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057790015.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 260 298 8.6e-11 42.6 WD domain, G-beta repeat
XP_057790015.1 Pfam PF12931 TPR_Sec16 Repeat 563 759 3e-08 34.5 Sec16 Sec23-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934032.1
TCCACATAACAAAACGGTAACAACAATTTAGAAAGAGAGAGCTCTCACTTATTTCTCTTGATAGGCATACATACGCCTTCTGCGATTCATTTTCATGAAAATCCTGCCCCCGCGCACGTACATATATGTAGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTTATACGTTTCTGCATGGAGTGGTGTATAAAGACCGCGAGCAGATCGGCGTCGACGGCGTTCTCGCCGGATGGCACCTACGTCGCGGCGGGGACAATGGCGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006885
ATGGAGTGGTGTATAAAGACCGCGAGCAGATCGGCGTCGACGGCGTTCTCGCCGGATGGCACCTACGTCGCGGCGGGGACAATGGCGGGCGCGGTGGATCTGCAATTTAGTTCCTCCGCCAATCTGGACATTTTCGAGCTTGATTTTGCGTCGGACGATCGCCAGATGGTCTTGGCAGGCTCCGCGCCGAGTTCCGAGAAATTCGATCGGCTTTCATGGGGGAAAGGACCTGCCAATTCCGAGGAATATTCATTTGGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790015.1
MEWCIKTASRSASTAFSPDGTYVAAGTMAGAVDLQFSSSANLDIFELDFASDDRQMVLAGSAPSSEKFDRLSWGKGPANSEEYSFGLIAGGLVDGNIALWNPKNLISKYKKGIDTSENALAGNLSKHKGAVRGLEFNSLTPNLLASGAEEGDICIWDVSKPSEPSHFPPLKGSGSAEQGEISFLSWNSKVQHILASTSYNGTTVVWDLKKQKSVLSFSDSIRRRCSVLHWHPDIATQLIVASDEDRSPSLRLWDMRHIVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器