当前解析结果
SmilChr01G000948| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000948 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000948 |
| 描述 | serine carboxypeptidase-like 40 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 20068353 - 20077899 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006916 |
|---|---|
| GeneID | 131006916 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006916 |
| 原始查询 | SmilChr01G000948 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine carboxypeptidase-like 40 |
| 产物 | serine carboxypeptidase-like 40 |
| Arabidopsis | AT3G63470 (scpl40)serine carboxypeptidase-like 40 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825522] identity=56.2; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0656900 (OsSCP40)- identity=53.8; qcov=0.872; evalue=5.4e-166; confidence=high |
| GO | GO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00450 (Peptidase_S10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006916 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057790038.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057790038.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790038.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790038.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790038.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:20068514 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C67 |
Chr1:20068617 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B98,D8 |
Chr1:20068626 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D8 |
Chr1:20068626 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr1:20068779 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr1:20068810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr1:20069059 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B15 |
Chr1:20069108 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B92 |
Chr1:20069166 |
G |
GGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 5 | B33,B66,C61,C78,C8 |
Chr1:20069541 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:20069552 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:20069954 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B37,C13,C26,C82,C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790038.1PF00450
Peptidase_S10 81-484 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790038.1 |
Pfam | PF00450 |
Peptidase_S10 | Domain | 81 | 484 | 9.6e-138 | 460.8 | Serine carboxypeptidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。