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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000958

染色体: Chr01 坐标: 20299547-20299906 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000958
名称SmilChr01G000958
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向20299547 - 20299906 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994950
GeneID130994950
locus_tag-
NCBI NameLOC130994950
原始查询SmilChr01G000958

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisATMG00810
-
identity=35; qcov=1.01; evalue=6.1e-20; confidence=low
RiceOs08g0125300
-
identity=37.7; qcov=0.958; evalue=1.39e-23; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994950

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057776173.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057776173.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776173.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776173.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776173.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:20299648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B48,D2
Chr1:20299658 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 119 A1,A13,A14,A18,A24,A4,A5,A7,A9,B1,B10,B100,B105,B106,B108,B112,B115,B117,B119,B121,B126,B128,B129,B131,B132,B133,B134,B135,B140,B15,B17,B18,B19,B20,B26,B30,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B45,B47,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B58,B59,B61,B62,B63,B64,B69,B71,B73,B75,B76,B80,B82,B85,B86,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B96,B97,B98,C1,C10,C16,C17,C19,C2,C20,C23,C25,C26,C29,C30,C33,C34,C36,C38,C4,C40,C42,C43,C47,C49,C51,C52,C55,C57,C59,C61,C7,C71,C72,C77,C79,C84,C87,C9,D10,D6
Chr1:20299693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:20299828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B53,B78,B92
Chr1:20299849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B53,B92
Chr1:20299852 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B67,B71,C14,C53
Chr1:20299867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C53
Chr1:20299872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,C14,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920190.1
ATGGGAAAGATGAACTTTTTCTTAGGACTTCAAGTCAAGCAAACTGATGAAGGGATACTGATTAACCAGTCAAAGTACATGAAGAAACTGATCAACAAGTTCGGAGCTCAATATTTGAAGACTGTTAAAATTCCCATGAATACAAACTGGAAGGTGGATCCAGGAAATGAAGAGAAATCAGTGTCATCTACAAAATATAGAGAAATCATTGGATTTCTATTATATCTAACTGCTAGTCGCCCAGACATTGCATTTGCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994950
ATGGGAAAGATGAACTTTTTCTTAGGACTTCAAGTCAAGCAAACTGATGAAGGGATACTGATTAACCAGTCAAAGTACATGAAGAAACTGATCAACAAGTTCGGAGCTCAATATTTGAAGACTGTTAAAATTCCCATGAATACAAACTGGAAGGTGGATCCAGGAAATGAAGAGAAATCAGTGTCATCTACAAAATATAGAGAAATCATTGGATTTCTATTATATCTAACTGCTAGTCGCCCAGACATTGCATTTGCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776173.1
MGKMNFFLGLQVKQTDEGILINQSKYMKKLINKFGAQYLKTVKIPMNTNWKVDPGNEEKSVSSTKYREIIGFLLYLTASRPDIAFAVSVCVRYQSDPNEAHMDAAKRISRYLKGIPNIE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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