当前解析结果
SmilChr01G000971| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000971 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000971 |
| 描述 | acetylajmalan esterase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 20571972 - 20581025 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006935 |
|---|---|
| GeneID | 131006935 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006935 |
| 原始查询 | SmilChr01G000971 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | acetylajmalan esterase-like |
| 产物 | acetylajmalan esterase-like |
| Arabidopsis | AT1G28590 (AT1G28590)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839759] identity=41.7; qcov=0.97; evalue=3.79e-84; confidence=medium |
| Rice | Os11g0521000 (OsGELP111)- identity=46.4; qcov=0.913; evalue=3.69e-106; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006935 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057790054.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057790054.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790054.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790054.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790054.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:20572056 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B110,B54,B6 |
Chr1:20572136 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr1:20572166 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B140,C79,D7 |
Chr1:20572177 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr1:20572206 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B140,C79,D7 |
Chr1:20572246 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr1:20572362 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B97,C32,C39,C8 |
Chr1:20572367 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr1:20572398 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B97,C39,C8 |
Chr1:20572423 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B140 |
Chr1:20572424 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B140,C79,D7 |
Chr1:20572495 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790054.1PF00657
Lipase_GDSL 32-352 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790054.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 32 | 352 | 9.2e-27 | 95.3 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。