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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000971

染色体: Chr01 坐标: 20571972-20581025 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000971
名称SmilChr01G000971
描述acetylajmalan esterase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向20571972 - 20581025 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006935
GeneID131006935
locus_tag-
NCBI NameLOC131006935
原始查询SmilChr01G000971

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acetylajmalan esterase-like
产物acetylajmalan esterase-like
ArabidopsisAT1G28590 (AT1G28590)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839759]
identity=41.7; qcov=0.97; evalue=3.79e-84; confidence=medium
RiceOs11g0521000 (OsGELP111)
-
identity=46.4; qcov=0.913; evalue=3.69e-106; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006935

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057790054.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057790054.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790054.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790054.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790054.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:20572056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B54,B6
Chr1:20572136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:20572166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B140,C79,D7
Chr1:20572177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:20572206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B140,C79,D7
Chr1:20572246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:20572362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B97,C32,C39,C8
Chr1:20572367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:20572398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B97,C39,C8
Chr1:20572423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B140
Chr1:20572424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B140,C79,D7
Chr1:20572495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790054.1
366 aa
N
1
183
366
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 32-352 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790054.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 32 352 9.2e-27 95.3 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934071.1
ATTGTAAGAATTGTGTGTTGTATGCATCAAGCGAGTAATGGATTTTTCTTCCTTCTTTTATCTTATAAGCATCTCCGTTATTATTATAGCTACAGAAGCAACAAATATATTATGTCCAATTCAAAGTTTGTTTCAATTGGGAGATTCCGTCTCAGACACAGGGAATCTAGTGCGAGTCCTTCCTGTGGGTCCCACTCTCCCCGCCTCTAAGCCGCCGTACGGTGAAACTTTTCCCGGCAAACCTACCGGCCGTTGGTCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006935
ATGGATTTTTCTTCCTTCTTTTATCTTATAAGCATCTCCGTTATTATTATAGCTACAGAAGCAACAAATATATTATGTCCAATTCAAAGTTTGTTTCAATTGGGAGATTCCGTCTCAGACACAGGGAATCTAGTGCGAGTCCTTCCTGTGGGTCCCACTCTCCCCGCCTCTAAGCCGCCGTACGGTGAAACTTTTCCCGGCAAACCTACCGGCCGTTGGTCTGATGGCAGACTCATCATAGACTACACAGCTATGGCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790054.1
MDFSSFFYLISISVIIIATEATNILCPIQSLFQLGDSVSDTGNLVRVLPVGPTLPASKPPYGETFPGKPTGRWSDGRLIIDYTAMALGIPLLNPYLDKNASFRNGVNFAVAGATALNSSFFVSRGIIVPPDVGSLDLQLRSFHTYLASICSTPRECSEYLRQALVFVGRIGGNDINYPLTQGRSLEEIRTYVPLINQAISDAIRGIIRAGASRVVVPGNFPIGCFPYILAAFASNDSTNYDELGCVRSVNNLVVYQNNNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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