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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000977

染色体: Chr01 坐标: 20662598-20664071 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000977
名称SmilChr01G000977
描述noroxomaritidine synthase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向20662598 - 20664071 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006940
GeneID131006940
locus_tag-
NCBI NameLOC131006940
原始查询SmilChr01G000977

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述noroxomaritidine synthase-like
产物noroxomaritidine synthase-like
ArabidopsisAT2G23180 (CYP96A1)
cytochrome P450, family 96, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816850]
identity=44.1; qcov=1.02; evalue=1.01e-146; confidence=medium
RiceOs03g0140100 (MAH1)
-
identity=43.4; qcov=0.988; evalue=2.56e-142; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006940

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057790061.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057790061.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790061.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790061.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790061.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:20662654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:20662667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr1:20662730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr1:20662740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,D4
Chr1:20662778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,C44
Chr1:20662783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,C62
Chr1:20662785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B75,C62
Chr1:20662794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:20662807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B62,B87,C49
Chr1:20662814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B110,B140,C50
Chr1:20662829 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B119,C24
Chr1:20662842 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 46 A15,A21,A23,A24,A25,A8,B109,B110,B118,B119,B122,B128,B138,B139,B140,B31,B4,B47,B5,B55,B62,B66,B70,B73,B74,B87,B90,B92,B96,C1,C21,C24,C3,C42,C44,C49,C55,C57,C60,C61,C62,C68,C75,C8,C87,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790061.1
488 aa
N
1
244
488
p450
C
PF00067 p450 27-469 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790061.1 Pfam PF00067 p450 Domain 27 469 5.9e-44 151.3 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934078.1
ATGGCCATATACGAGTTTGTGTTGATGATAGCTCCAGTGCTTCTTGTGTGGTACTTGGCAATTAGAAGAGGCAAGAAACCCTCGGAGCCGACGACGTGGCCGGTGCTGGGTATGCTGCCGGCGGCTCTCCTTAATCTCCGCCGCGTACACGACTGTGCGACGGAGGTCTTAATCGAATGCGGCGGCACCTATAGGCTGGTGGGGCCGTGGATGGACATCCTCTTCACGTGCGACCCCGCCAACATCCATCATGTTTTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006940
ATGGCCATATACGAGTTTGTGTTGATGATAGCTCCAGTGCTTCTTGTGTGGTACTTGGCAATTAGAAGAGGCAAGAAACCCTCGGAGCCGACGACGTGGCCGGTGCTGGGTATGCTGCCGGCGGCTCTCCTTAATCTCCGCCGCGTACACGACTGTGCGACGGAGGTCTTAATCGAATGCGGCGGCACCTATAGGCTGGTGGGGCCGTGGATGGACATCCTCTTCACGTGCGACCCCGCCAACATCCATCATGTTTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790061.1
MAIYEFVLMIAPVLLVWYLAIRRGKKPSEPTTWPVLGMLPAALLNLRRVHDCATEVLIECGGTYRLVGPWMDILFTCDPANIHHVFSRNFSNYPKGPEFRKIFKIFGDGIFRADFELWEIHRKTTLAQLTHADFNANLQRAVWHKVESGLFPVLDHFCGAGTDLDLQDVFQRLAFDNICKFVLDYDPCSLRPDLPFLPCEKAFSTAGEALLHRHIFPEWMWKLQKWLNVGNERNLAKAAVALDDFIYPRVTSGNVLKAFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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