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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001005

染色体: Chr01 坐标: 21175866-21178442 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001005
名称SmilChr01G001005
描述uncharacterized SmilChr01G001005
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向21175866 - 21178442 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996911
GeneID130996911
locus_tag-
NCBI NameLOC130996911
原始查询SmilChr01G001005

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=27.3; qcov=0.595; evalue=1.93e-10; confidence=low
RiceOs06g0521000
-
identity=33.1; qcov=0.572; evalue=3.48e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996911

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778202.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778202.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778202.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778202.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057778202.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:21175902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C55
Chr1:21176292 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:21176312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:21178317 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B117,B121,B129,B130,B78,B82,C17,D11,D5
Chr1:21178324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:21178325 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr1:21178360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B121,B2,B29
Chr1:21178388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B132,B32,C36
Chr1:21178413 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B123,B129,B76
Chr1:21178413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B129,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922219.1
ATGCCGGCGGCATCCAAACGTAGCAACTATTATCCGGCAGAAACGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGCCGATCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCATCTGCGCCGAGTACAACGCTAAAAGGCCCGAAGGATCTATTTCACGCGACGTCACGCAAATCAAATCTCACTTTCAACGGGTGTCGAAGGATACGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGCCATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996911
ATGCCGGCGGCATCCAAACGTAGCAACTATTATCCGGCAGAAACGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGCCGATCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCATCTGCGCCGAGTACAACGCTAAAAGGCCCGAAGGATCTATTTCACGCGACGTCACGCAAATCAAATCTCACTTTCAACGGGTGTCGAAGGATACGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGCCATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778202.1
MPAASKRSNYYPAETVLICRLYCEHTHDSVVGADQKGAKFWGSICAEYNAKRPEGSISRDVTQIKSHFQRVSKDTKRFEAMHKKCHDQWKSGMSDIQILEQAEAMWLAEYRVPFRYSHAWKILRESKKFSSLGGDVHSDVHSDKRSKGSDGLPTTTSSDASISTRPQGQKAAKRDKRKATNQEPRSATHSKKSSSPSPDLGIPVYEADGGGGDRRRGGDGGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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