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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001038

染色体: Chr01 坐标: 21607331-21608758 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001038
名称SmilChr01G001038
描述uncharacterized SmilChr01G001038
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向21607331 - 21608758 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997771
GeneID130997771
locus_tag-
NCBI NameLOC130997771
原始查询SmilChr01G001038

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=27.5; qcov=0.461; evalue=1.3e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997771

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779214.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057779214.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057779214.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779214.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779214.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:21607350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:21607362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:21607373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B81,C35,C42,C6
Chr1:21607378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,B69
Chr1:21607398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C60
Chr1:21607402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,B8
Chr1:21607413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B69,B73
Chr1:21607433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B64
Chr1:21607448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B6,C85
Chr1:21607462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr1:21607482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B62,B91,C14
Chr1:21607484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923231.1
ATGTCAAAGGTCCATACCACTAACAGCCGGAGCCCTTTCTCCGCTGACATTCTGGCGGATACTCTGCCGAGGAGTTACAAGCCCATCTCCTTGGACTACGACGGAACTACTGATCCGGAGGTGCACCTTAACCGGTTCGAAGGACTGGTTACACTTCACATGTATACAAAAGGCATCAAGTGCCGCATATTCTCTACCACTTTAACTGGTCCTGCCCAGTTGTGGTTTGGGACGCTCGCCCCAAATTCTGATCAAAATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997771
ATGTCAAAGGTCCATACCACTAACAGCCGGAGCCCTTTCTCCGCTGACATTCTGGCGGATACTCTGCCGAGGAGTTACAAGCCCATCTCCTTGGACTACGACGGAACTACTGATCCGGAGGTGCACCTTAACCGGTTCGAAGGACTGGTTACACTTCACATGTATACAAAAGGCATCAAGTGCCGCATATTCTCTACCACTTTAACTGGTCCTGCCCAGTTGTGGTTTGGGACGCTCGCCCCAAATTCTGATCAAAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779214.1
MSKVHTTNSRSPFSADILADTLPRSYKPISLDYDGTTDPEVHLNRFEGLVTLHMYTKGIKCRIFSTTLTGPAQLWFGTLAPNSDQNETLREYTARFNLAALEVLETESQIKNCAYVRGLKPGLFFDELQIRPARDFDDIMARLPGYLQLEDARMARKAENDKHKAKRAEDAPERNNRNQGPFRGLPPREEIFHLIKNQPFFRAPRTYRDGQRQQGPNNKLCEYHNSYEHYTKHCGHLKHQLELLARQGNLDQFIAKWNEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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