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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001045

染色体: Chr01 坐标: 21698391-21712027 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001045
名称SmilChr01G001045
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向21698391 - 21712027 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006990
GeneID131006990
locus_tag-
NCBI NameLOC131006990
原始查询SmilChr01G001045

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=39.9; qcov=0.872; evalue=0; confidence=medium
RiceOs02g0215500
-
identity=39; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006990

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790124.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790124.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790124.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790124.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790124.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:21699836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,C32,C60,C78
Chr1:21699869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr1:21699881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:21699927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:21699977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C54
Chr1:21700028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:21700034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C45
Chr1:21700116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B87,C21,C47,C73
Chr1:21700173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,B32
Chr1:21700202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:21700299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B33,C39,C47,C73
Chr1:21700383 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790124.1
1097 aa
N
1
548
1097
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 29-70 aa PF00560 LRR_1 101-122 aa PF00560 LRR_1 150-170 aa PF00560 LRR_1 200-221 aa PF13855 LRR_8 270-330 aa PF00560 LRR_1 271-293 aa PF00560 LRR_1 295-317 aa PF00560 LRR_1 471-493 aa PF00560 LRR_1 495-517 aa PF13855 LRR_8 495-554 aa PF00560 LRR_1 543-565 aa PF13855 LRR_8 567-626 aa PF00560 LRR_1 592-613 aa PF13855 LRR_8 595-650 aa PF00560 LRR_1 639-660 aa PF00560 LRR_1 664-685 aa PF00069 Pkinase 806-1076 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 809-1078 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790124.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 70 8.2e-11 42.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 101 122 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 170 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 200 221 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 270 330 1.4e-46 156.8 Leucine rich repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 271 293 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 295 317 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 471 493 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 495 517 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 495 554 1.4e-46 156.8 Leucine rich repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 543 565 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 567 626 1.4e-46 156.8 Leucine rich repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 592 613 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 595 650 1.4e-46 156.8 Leucine rich repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 639 660 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 664 685 5.4e-58 181.1 Leucine Rich Repeat
XP_057790124.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 806 1076 2.3e-44 152.5 Protein kinase domain
XP_057790124.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 809 1078 1.7e-46 159.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934141.1
GCTAGTAGTATAAATTAGGCTCGATCGACGGCTTGTTAATGCATTAAGAAAACTAAATTGCAGTCCATGGGCATGGGCACCTCTTTGTTAATTTCTTTTAAACTTGTGCTTTTAATTTCAAACATCTTGTCCTCACGGGCATTCGATTTGAGCAGTGATGAAGATGCTCTACTCGCTTTCAAAAATGCCATCACTGTAGACACAAACGGTGTGTTGAGCAAGAGCTGGGTGAGCAACAGTAGTAGTTCCGTGTGTGAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006990
ATGGGCATGGGCACCTCTTTGTTAATTTCTTTTAAACTTGTGCTTTTAATTTCAAACATCTTGTCCTCACGGGCATTCGATTTGAGCAGTGATGAAGATGCTCTACTCGCTTTCAAAAATGCCATCACTGTAGACACAAACGGTGTGTTGAGCAAGAGCTGGGTGAGCAACAGTAGTAGTTCCGTGTGTGAGTGGGCGGGCGTGTCGTGCGGCGCCAAACACCGGAGGGTCACAGCCCTCAATCTCTCTGGGCTGGCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790124.1
MGMGTSLLISFKLVLLISNILSSRAFDLSSDEDALLAFKNAITVDTNGVLSKSWVSNSSSSVCEWAGVSCGAKHRRVTALNLSGLALWGNLAPHLGNLTFLRSLDVSSNNFSGSLPTQLSKLRRLKGINAAFNNLSGEIPTAIFTNMSALEEIDLRSNKLSGQLPSDICSIDSPKLKRLFLRENQIHGNIPTRVYQCTELEELSLSINQFSGGIPTQIGNLSMLTLLSLYQNHLQGNIPPSIFNISSLESMYLFSNNLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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