当前解析结果
SmilChr01G001047| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001047 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001047 |
| 描述 | glucan endo-1,3-beta-glucosidase, acidic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 21757689 - 21759255 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006992 |
|---|---|
| GeneID | 131006992 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006992 |
| 原始查询 | SmilChr01G001047 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glucan endo-1,3-beta-glucosidase, acidic-like |
| 产物 | glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase%2C acidic-like |
| Arabidopsis | AT3G57270 (BG1)beta-1,3-glucanase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824894] identity=45.1; qcov=0.931; evalue=4.89e-95; confidence=high |
| Rice | Os01g0946500- identity=44.7; qcov=0.904; evalue=1.28e-87; confidence=medium |
| GO | GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00332 (Glyco_hydro_17) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006992 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057790125.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057790125.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790125.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790125.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790125.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:21757745 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr1:21758035 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr1:21758072 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr1:21758139 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C3,D8 |
Chr1:21758153 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C60,C85 |
Chr1:21758368 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C20 |
Chr1:21758447 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr1:21758602 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B24,C83,C85 |
Chr1:21758728 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr1:21758730 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr1:21758788 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 64 | A15,A22,A25,A5,A7,A9,B110,B111,B115,B124,B125,B127,B128,B131,B134,B135,B139,B20,B31,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B4,B53,B6,B62,B65,B70,B75,B77,B8,B86,B87,B91,B98,B99,C10,C28,C39,C4,C40,C42,C44,C49,C51,C52,C54,C57,C59,C61,C62,C67,C71,C73,C76,C77,C80,C81,C84,D11,D9 |
Chr1:21758790 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 64 | A15,A22,A25,A5,A7,A9,B110,B111,B115,B124,B125,B127,B128,B131,B134,B135,B139,B20,B31,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B4,B53,B6,B62,B65,B70,B75,B77,B8,B86,B87,B91,B98,B99,C10,C28,C39,C4,C40,C42,C44,C49,C51,C52,C54,C57,C59,C61,C62,C67,C71,C73,C76,C77,C80,C81,C84,D11,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790125.1PF00332
Glyco_hydro_17 39-375 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790125.1 |
Pfam | PF00332 |
Glyco_hydro_17 | Domain | 39 | 375 | 5.7e-88 | 296.2 | Glycosyl hydrolases family 17 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。