Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001049`

染色体: Chr01 坐标: 21827281-21829393 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001049`
名称	SmilChr01G001049
描述	ABC transporter G family member 8-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	21827281 - 21829393 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006993`
GeneID	`131006993`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006993`
原始查询	`SmilChr01G001049`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ABC transporter G family member 8-like
产物	ABC transporter G family member 8-like
Arabidopsis	`AT5G52860` (ABCG8) ABC-2 type transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835363] identity=67.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0384600` (OsABCG13) - identity=45.4; qcov=1.07; evalue=1.18e-163; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG	smil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04981 (Folate transport and metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00005 (ABC_tran); PF01061 (ABC2_membrane); PF19055 (ABC2_membrane_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006993

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057790126.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057790126.1`
3	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057790126.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057790126.1`
5	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057790126.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:21827895`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr1:21828009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr1:21828039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B90,D6
`Chr1:21828135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr1:21828264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B94,D1
`Chr1:21828315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr1:21828321`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr1:21828413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C3,D8
`Chr1:21828416`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B38,C32,C66,C8,D6
`Chr1:21828416`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B38,C32,C66,C8,D6
`Chr1:21828418`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B38,C32,C66,C8,D6
`Chr1:21828418`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B38,C32,C66,C8,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790126.1

584 aa

292

584

ABC_tran

ABC2_membrane_7

ABC2_membrane

PF00005 ABC_tran 44-187 aa PF19055 ABC2_membrane_7 217-277 aa PF01061 ABC2_membrane 309-517 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790126.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	44	187	2.3e-29	103.5	ABC transporter
`XP_057790126.1`	Pfam	`PF19055`	ABC2_membrane_7	Family	217	277	1.7e-09	37.8	ABC-2 type transporter
`XP_057790126.1`	Pfam	`PF01061`	ABC2_membrane	Domain	309	517	5.1e-47	160.9	ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934143.1
TTTTGTCGCACAAAGAGAAAGCTGAGAAGGGGGGCTGGTGGAGGCAGCCACCAGTCACTAGTATCTAAAAGCAAGGCATCCCCGTGACTGTACAGCTTTAATCATTAATCATAAATTCAAAAACAAGAAAAAATCATTCTAATTAATCACAACAAGACAAGCAATCACGGACTCAAGATCACTTTGCTGTTTGTTTCCTTGTCATTCTTCTCATTATGAATTGAGAAGTATAGCAAAGCACACTTTCACTGCCACCTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006993
ATGGAACCACCGCCGCCGCCGCCACTTTCCCATACAACCTACACCCTCACGGCCTCCACAATCTCCTACGCCAAACCCGCACCCACCTTCCTCTTCAAGCCCTGCAGCTCCACGCCACCCACAAACATCCTCAACAACGTCTCCCTCACCGCCCACCCCTCCGAAATCCTCGCCATCGTCGGCCCCAGCGGCGCCGGCAAATCCACCCTCCTAGACATCCTCGCCGCCCGAACGGCGGCCACGACCGGCGCCCTCCTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790126.1
MEPPPPPPLSHTTYTLTASTISYAKPAPTFLFKPCSSTPPTNILNNVSLTAHPSEILAIVGPSGAGKSTLLDILAARTAATTGALLLNSAPLNPSAYRKLSAYVPQHDACLPLLTVAETFAFSAALLNPKSANIPAIVSALLDDLRLTHLAQVRLAHGLSGGERRRVSIGLSLLHDPAVLLLDEPTSGLDSRSALSIMQTLRSVTETRRRTVVLSIHQPSFKILSTIDRILLLAQGSVVHHGTLSSLEDFLLSNGFTVPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器