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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001068

染色体: Chr01 坐标: 22024948-22026138 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001068
名称SmilChr01G001068
描述uncharacterized SmilChr01G001068
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向22024948 - 22026138 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007011
GeneID131007011
locus_tag-
NCBI NameLOC131007011
原始查询SmilChr01G001068

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007011

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790139.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057790139.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057790139.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790139.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790139.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:22025207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B22,B33,B83,C15,C52
Chr1:22025209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B65,C50
Chr1:22025218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,B91
Chr1:22025231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B7,C11,C69
Chr1:22025253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B131
Chr1:22025271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B131
Chr1:22025272 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B131
Chr1:22025287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B125
Chr1:22025301 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 17 A22,A5,B102,B110,B21,B76,B91,B93,C10,C18,C30,C38,C39,C59,C63,C87,D2
Chr1:22025318 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 43 A16,A21,B110,B128,B136,B2,B26,B34,B37,B43,B47,B55,B57,B67,B71,B72,B8,B85,B89,B9,B92,B94,B97,C10,C11,C19,C20,C21,C3,C32,C49,C53,C60,C62,C63,C68,C72,C80,C84,C85,C87,D11,D2
Chr1:22025322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr1:22025367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B125,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934156.1
TAGACCAAGCGATGGCAGACCTTCCATTCTACCAACCAAAAGGCAGTTGGGCTGCGTACGAGCGCATCCAACAGAAGAAAAAGAAAGTCATGGTTAGCTCAAGTGAGGAACCTACGACTGATCTCTTGGACGCGGTGTCTCTACCCTCGCCTGTCGGAAGGGGCAAGCGATCCGCATCATCCGTCGTCTCTGATCAGTCTGGTGGCTCAATCATTATGAAGTTTCCTGTGGATGCTGCTGCTTATACGCCTTGTGCTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007011
ATGGCAGACCTTCCATTCTACCAACCAAAAGGCAGTTGGGCTGCGTACGAGCGCATCCAACAGAAGAAAAAGAAAGTCATGGTTAGCTCAAGTGAGGAACCTACGACTGATCTCTTGGACGCGGTGTCTCTACCCTCGCCTGTCGGAAGGGGCAAGCGATCCGCATCATCCGTCGTCTCTGATCAGTCTGGTGGCTCAATCATTATGAAGTTTCCTGTGGATGCTGCTGCTTATACGCCTTGTGCTCCGCTGCTTGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790139.1
MADLPFYQPKGSWAAYERIQQKKKKVMVSSSEEPTTDLLDAVSLPSPVGRGKRSASSVVSDQSGGSIIMKFPVDAAAYTPCAPLLEDRARLDAAGYDSAMEAIVSHSFLGTRGILYLGDKVKELEKQLTKLRAEQVDYRKENRDLKKCKVELHKVIKGLQEQVASHEQDAGKLHEALENLEAVSARVRDLEFEIVQLKNMMEDVGLETEVLIRGEIYQEFRDGKSGEWDIDRCILEMEKLLQQRAEKAAAIRARAAAEAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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