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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001071

染色体: Chr01 坐标: 22101140-22111815 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001071
名称SmilChr01G001071
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向22101140 - 22111815 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007014
GeneID131007014
locus_tag-
NCBI NameLOC131007014
原始查询SmilChr01G001071

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=40.2; qcov=1.03; evalue=4.25e-164; confidence=medium
RiceOs11g0694850
-
identity=42; qcov=0.995; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007014

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790142.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790142.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790142.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790142.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790142.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:22109354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr1:22109560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B15,B65,D7
Chr1:22109762 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C69
Chr1:22109762 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C69
Chr1:22110171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr1:22110326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:22110345 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,B94
Chr1:22110421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,D9
Chr1:22110546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B18,B37,C11,C45
Chr1:22110588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr1:22110598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C39,D9
Chr1:22110620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790142.1
752 aa
N
1
376
752
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 21-42 aa PF00560 LRR_1 126-148 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF13855 LRR_8 150-209 aa PF13855 LRR_8 197-257 aa PF00560 LRR_1 198-220 aa PF13855 LRR_8 222-281 aa PF13855 LRR_8 245-305 aa PF00560 LRR_1 247-268 aa PF00560 LRR_1 294-315 aa PF00560 LRR_1 319-340 aa PF00069 Pkinase 461-731 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 464-733 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 21 42 1.8e-38 122.9 Leucine Rich Repeat
XP_057790142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 126 148 1.8e-38 122.9 Leucine Rich Repeat
XP_057790142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 1.8e-38 122.9 Leucine Rich Repeat
XP_057790142.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 150 209 1.9e-30 105.1 Leucine rich repeat
XP_057790142.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 197 257 1.9e-30 105.1 Leucine rich repeat
XP_057790142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 198 220 1.8e-38 122.9 Leucine Rich Repeat
XP_057790142.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 222 281 1.9e-30 105.1 Leucine rich repeat
XP_057790142.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 245 305 1.9e-30 105.1 Leucine rich repeat
XP_057790142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 247 268 1.8e-38 122.9 Leucine Rich Repeat
XP_057790142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 294 315 1.8e-38 122.9 Leucine Rich Repeat
XP_057790142.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 319 340 1.8e-38 122.9 Leucine Rich Repeat
XP_057790142.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 461 731 1.7e-45 156.2 Protein kinase domain
XP_057790142.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 464 733 2e-47 162.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934159.1
CAGGTGGCATACCAAAGGAGATTGGACATCTTACATCCTTGAATCATCTGCTGCTTTATGAAAACAAATTGACAGGTTACATACCAAAGCAAATCGGAAACCTCACTTCACTATTAAAGCTGGATCTTGCTTCCAATAAGTTGACGGGTGAATTGCCGGAAGAGCTTGGTAATCTAGCAGGCCTCGAGTCCTTAACGGCGTCGTTCAACGATTTCTTGTTTGGTTCCATCCCTTCTTCCATATTCAATTTATCAAGTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007014
ATGGAACTCTCTCTTCAGCAGAATCAGTTTTCCGGTAGCCTTCCTTCAAACATGGGGCTCTCACTTGTGAAGCTTTCTTTATTTTTTAACAAACTCACCGGCAAAATTCCAACCTCCATCACCAACGCTTCTCAGCTTATTATGTTGGAATTGAACAGAAACTCATTCACTGGCTCCATCCCCGACTTGGGTAATCTAAGACATCTGCGATACCTTCGCCTCTGGGAAAATAATTTGACAGCAACTGAATCTCCCAATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790142.1
MELSLQQNQFSGSLPSNMGLSLVKLSLFFNKLTGKIPTSITNASQLIMLELNRNSFTGSIPDLGNLRHLRYLRLWENNLTATESPNQQLTFLSSLTNCRDLEILEISNNSVMNGILPSSVGNLSTSLVTFSASNCGIRGVIPSEIGNLSSLQTLDLSGNQFTGSIPTTIGKLKQLGILYLYGNQLQGYIPHHLCRISNLVELYLSGNMLTSSIPECFGELKSLQTLSFASNKLNSTLPFNFFNLPGLINLDLSSNYLSGQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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