当前解析结果
SmilChr01G001075| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001075 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001075 |
| 描述 | cytochrome b5 domain-containing protein RLF-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 22163944 - 22168094 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131007018 |
|---|---|
| GeneID | 131007018 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007018 |
| 原始查询 | SmilChr01G001075 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome b5 domain-containing protein RLF-like |
| 产物 | cytochrome b5 domain-containing protein RLF-like |
| Arabidopsis | AT5G09680 (RLF)reduced lateral root formation [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830827] identity=63; qcov=0.879; evalue=4.92e-81; confidence=high |
| Rice | Os07g0232200- identity=84.3; qcov=0.558; evalue=1.9e-71; confidence=medium |
| GO | GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00173 (Cyt-b5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007018 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057790145.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057790146.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057790146.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057790145.1 |
| 5 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057790145.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:22164765 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr1:22164819 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr1:22164819 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:22164821 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:22164935 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr1:22167617 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790145.1PF00173
Cyt-b5 152-222 aa
XP_057790146.1PF00173
Cyt-b5 133-203 aa
XP_057790147.1PF00173
Cyt-b5 132-202 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790145.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 152 | 222 | 2.4e-22 | 79.5 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
XP_057790146.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 133 | 203 | 2.1e-22 | 79.6 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
XP_057790147.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 132 | 202 | 2.1e-22 | 79.6 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。