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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001080

染色体: Chr01 坐标: 22234121-22234822 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001080
名称SmilChr01G001080
描述uncharacterized SmilChr01G001080
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向22234121 - 22234822 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999069
GeneID130999069
locus_tag-
NCBI NameLOC130999069
原始查询SmilChr01G001080

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G41220 (GSTT3)
glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124]
identity=28.2; qcov=0.927; evalue=6.89e-10; confidence=low
RiceOs08g0225900
-
identity=30.7; qcov=0.807; evalue=1.41e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999069

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780560.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780560.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780560.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780560.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057780560.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:22234161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr1:22234171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11
Chr1:22234191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,C82,D5
Chr1:22234192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11
Chr1:22234213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C11
Chr1:22234234 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B88
Chr1:22234234 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 1 B88
Chr1:22234260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:22234276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:22234354 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 17 B129,B130,B134,B29,B3,B36,B38,B59,C10,C27,C43,C48,C64,C87,C9,D11,D8
Chr1:22234394 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B88
Chr1:22234394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924577.1
ATGTATTGTCACAATATAAATCTCTCTGTTAAGCCTTCATCCGACGACGACGAAGAGAATACCAACATGCGCCGGGTGTTTTATTCAGATACGGAGTGTGAAGTTCTTGCGCAATGTTACATCGATATTAGCATCGATTCAGTTGTTGGAAACGAGCAAAAGATGGACAAAATGTGGAAACGCATTGCGAAAGCCTACAATGAAAATCGCCCTGCCAACACTCCACACAGTAAGTTTAAACAGCTGAAGGCTCATTTCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999069
ATGTATTGTCACAATATAAATCTCTCTGTTAAGCCTTCATCCGACGACGACGAAGAGAATACCAACATGCGCCGGGTGTTTTATTCAGATACGGAGTGTGAAGTTCTTGCGCAATGTTACATCGATATTAGCATCGATTCAGTTGTTGGAAACGAGCAAAAGATGGACAAAATGTGGAAACGCATTGCGAAAGCCTACAATGAAAATCGCCCTGCCAACACTCCACACAGTAAGTTTAAACAGCTGAAGGCTCATTTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780560.1
MYCHNINLSVKPSSDDDEENTNMRRVFYSDTECEVLAQCYIDISIDSVVGNEQKMDKMWKRIAKAYNENRPANTPHSKFKQLKAHFYKMQKQVKWFSECYNRIASIWKSGANDADIMKMAQTEYKQHHEVPKFAEVQGNVQASKRTKNTEGDAYTSSSTAEETPTSSPMGHKAAKRKEKGKGKGKKDDLNALREVAKEHETNAAKYIRIMEENTLIKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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