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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001101

染色体: Chr01 坐标: 22530442-22532019 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001101
名称SmilChr01G001101
描述uncharacterized SmilChr01G001101
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向22530442 - 22532019 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999897
GeneID130999897
locus_tag-
NCBI NameLOC130999897
原始查询SmilChr01G001101

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]; symbol=AT1G43760; hit=AT1G43760; species=arabidopsis; confidence=low
产物DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]; symbol=AT1G43760; hit=AT1G43760; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=26.6; qcov=0.779; evalue=1.04e-39; confidence=low
RiceOs06g0484800
-
identity=23.9; qcov=0.829; evalue=8.73e-37; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057781613.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057781613.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057781613.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781613.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781613.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:22530452 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 102 A10,A13,A16,A18,A19,A2,A23,A24,A6,A7,B1,B100,B106,B108,B109,B11,B112,B115,B117,B119,B123,B125,B127,B129,B135,B136,B137,B14,B140,B18,B2,B23,B25,B26,B31,B32,B39,B40,B42,B46,B54,B56,B57,B59,B60,B61,B64,B67,B74,B77,B78,B79,B84,B85,B86,B9,B95,B96,B99,C11,C14,C15,C19,C2,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C39,C40,C43,C45,C48,C5,C51,C57,C58,C6,C61,C62,C63,C65,C68,C69,C7,C74,C75,C77,C78,C83,C84,C87,D11,D4,D7
Chr1:22530456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B57,B63,B83
Chr1:22530467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C13
Chr1:22530470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C17
Chr1:22530478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,C21
Chr1:22530500 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 12 A1,B101,B24,B53,B75,B85,C18,C22,C39,C76,D4,D8
Chr1:22530503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr1:22530530 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B13,B40,C10,C3,C48,C78,D5
Chr1:22530532 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,D2
Chr1:22530542 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 D10,D11
Chr1:22530542 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 D10,D11
Chr1:22530554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925630.1
ATGAAGGAGCATTGCCGCTCCTTCTCCCCGATTGTCGTTGGTATCATTGAACCCAAAAAGGGTCTTCACAAAGTTTCGAACAATTACTGGCACTCTCTCAATCTTTCTCCTCGGCACCAGAATTGTAGGGCGCCTCGTTGGCCTAATATTTGGTTCCTTGCGCAACCGACGGTGGTTACTAATATTATTTTCTCCTCGGAACAGGCTATTGTTTCTGACTGTTTATGGCAGAATATCAACTTCAGGGTTGCCGTGGTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999897
ATGAAGGAGCATTGCCGCTCCTTCTCCCCGATTGTCGTTGGTATCATTGAACCCAAAAAGGGTCTTCACAAAGTTTCGAACAATTACTGGCACTCTCTCAATCTTTCTCCTCGGCACCAGAATTGTAGGGCGCCTCGTTGGCCTAATATTTGGTTCCTTGCGCAACCGACGGTGGTTACTAATATTATTTTCTCCTCGGAACAGGCTATTGTTTCTGACTGTTTATGGCAGAATATCAACTTCAGGGTTGCCGTGGTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781613.1
MKEHCRSFSPIVVGIIEPKKGLHKVSNNYWHSLNLSPRHQNCRAPRWPNIWFLAQPTVVTNIIFSSEQAIVSDCLWQNINFRVAVVHGANDSILRRDLWYDLLHFVDGQTFFIGDFNAVKGAHERFSSVMPSRASCSEFCRFIDDTGFLEPQSTGLQFSWSGRRFLPTHVESLLDRALISPTFADLWSSVITQVLPRTSSDHSPIVLRCNSLTTPGRKLFRFLNMWTAHPDFLEVVGTSWKESVNTPCPILMVMLKLKRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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