当前解析结果
SmilChr01G001121| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001121 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001121 |
| 描述 | berberine bridge enzyme-like 18 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 22831740 - 22832324 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000778 |
|---|---|
| GeneID | 131000778 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000778 |
| 原始查询 | SmilChr01G001121 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | berberine bridge enzyme-like 18 |
| 产物 | berberine bridge enzyme-like 18 |
| Arabidopsis | AT4G20820 (AT4G20820)FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827830] identity=51; qcov=0.809; evalue=1.05e-46; confidence=medium |
| Rice | Os06g0548800- identity=45.2; qcov=0.799; evalue=1.14e-34; confidence=medium |
| GO | GO:0071949 (FAD binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01565 (FAD_binding_4) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000778 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057782870.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057782870.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782870.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782870.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782870.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:22831799 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B61 |
Chr1:22831820 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B106 |
Chr1:22831854 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B20,B42,B90 |
Chr1:22831868 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr1:22831895 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C6 |
Chr1:22831983 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,C62 |
Chr1:22832062 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,C62 |
Chr1:22832081 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782870.1PF01565
FAD_binding_4 75-181 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782870.1 |
Pfam | PF01565 |
FAD_binding_4 | Domain | 75 | 181 | 3.8e-15 | 56.5 | FAD binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。