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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001137

染色体: Chr01 坐标: 23166033-23167776 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001137
名称SmilChr01G001137
描述uncharacterized SmilChr01G001137
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向23166033 - 23167776 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007057
GeneID131007057
locus_tag-
NCBI NameLOC131007057
原始查询SmilChr01G001137

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述interferon-activable protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824374]; symbol=AT3G52110; hit=AT3G52110; species=arabidopsis; confidence=medium
产物interferon-activable protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824374]; symbol=AT3G52110; hit=AT3G52110; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G52110 (AT3G52110)
interferon-activable protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824374]
identity=41.6; qcov=1.12; evalue=5.64e-67; confidence=medium
RiceOs03g0174200
-
identity=33.5; qcov=1.29; evalue=1.47e-33; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007057

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790188.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057790188.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057790188.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790188.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790188.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:23166235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B26,B30,B36,B58,C51
Chr1:23166335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,B65
Chr1:23166858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:23167088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr1:23167091 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:23167249 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr1:23167265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B129,C45
Chr1:23167555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B94,D1
Chr1:23167568 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B15,B94,D1
Chr1:23167568 A AGT 2bp_insertion CDS_variant 3 B15,B94,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934205.1
GGGACCCACAATAACGGTCCACTGTCTCAGCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAAAGCTGGTGCGATAATCCTTCTACAATTTGGGATCTGCACTCTCGCTGCTTAGATATAATTTCCTTCTCTATCAGAGAGGCGATTAAGTGAGAGTTGTTGGAAGGCATACAACTTAATGGAGGTAGCAATCATCGATTGGAAAAGCATCGATTCGAGAGTAGTGATAGACGATTTGTATGAGCACATCAATGCTCCTAAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007057
ATGGAGGTAGCAATCATCGATTGGAAAAGCATCGATTCGAGAGTAGTGATAGACGATTTGTATGAGCACATCAATGCTCCTAAATGGGCGGATTTAACCGCCCAGGATGACCCCGTTGATGATGAAGCCTGGTTCTGCCGCCCAGATTGCAATCACCCCAAGAAAGTTGAAGACTTCTTCAATCACAAAGACAGCTCTCCCATCTCCAATCCCAAGATTCAAAGATCAGCTAGCGTTTCCGATATTCCTCTGTATCAACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790188.1
MEVAIIDWKSIDSRVVIDDLYEHINAPKWADLTAQDDPVDDEAWFCRPDCNHPKKVEDFFNHKDSSPISNPKIQRSASVSDIPLYQRGNRDGTLKKRGTNQPNFVSDAENQDPNFSTPLQYKARVGKATIKSKQDSDAGERAPKLRSTLSARNLFSGTDLLSKVSEFCNELKKLTTRAQEKENHAEECASDREKERKPLLETGSSKGRLRRKKRNDDGENTPISVDVKSIKHLDAEGRLPIRNCPPTPQCFSATPKPFRP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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