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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001142

染色体: Chr01 坐标: 23363977-23366305 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001142
名称SmilChr01G001142
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g37170-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向23363977 - 23366305 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007062
GeneID131007062
locus_tag-
NCBI NameLOC131007062
原始查询SmilChr01G001142

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g37170-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g37170-like
ArabidopsisAT4G37170 (AT4G37170)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829871]
identity=60.3; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0235200
-
identity=56.9; qcov=0.854; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007062

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057790190.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790190.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790190.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790190.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790190.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:23364360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B76
Chr1:23364378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B112,B29,D2
Chr1:23364379 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr1:23364425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr1:23364426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:23364434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B71,C32,C68,D4
Chr1:23364453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,A23,C66
Chr1:23364478 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B133,C13
Chr1:23364478 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 2 B133,C13
Chr1:23364622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr1:23364632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:23364633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790190.1
677 aa
N
1
338
677
PPR
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 111-135 aa PF12854 PPR_1 134-163 aa PF01535 PPR 138-165 aa PF01535 PPR 168-196 aa PF01535 PPR 243-269 aa PF13041 PPR_2 268-317 aa PF01535 PPR 271-301 aa PF01535 PPR 344-367 aa PF13041 PPR_2 369-416 aa PF01535 PPR 372-401 aa PF01535 PPR 407-435 aa PF01535 PPR 445-469 aa PF20431 E_motif 487-548 aa PF01535 PPR 510-539 aa PF20430 Eplus_motif 554-581 aa PF14432 DYW_deaminase 585-677 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790190.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 111 135 1.9e-64 210.2 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 134 163 1.1e-36 125.0 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 138 165 1.9e-64 210.2 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 168 196 1.9e-64 210.2 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 243 269 1.9e-64 210.2 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 268 317 3.3e-60 200.7 PPR repeat family
XP_057790190.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 271 301 1.9e-64 210.2 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 344 367 1.9e-64 210.2 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 369 416 3.3e-60 200.7 PPR repeat family
XP_057790190.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 372 401 1.9e-64 210.2 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 407 435 1.9e-64 210.2 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 445 469 1.9e-64 210.2 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 487 548 3.5e-21 75.9 E motif
XP_057790190.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 510 539 1.9e-64 210.2 PPR repeat
XP_057790190.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 554 581 2.7e-07 30.9 E+ motif
XP_057790190.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 585 677 1.1e-39 134.9 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934207.1
ATATTTTATAACTATTTTACACTATAATATAATCTCATTCTTTTTAATAATAGTGCAAAAAATAATAGGAGGGAGTAAATTATTAAAACAACATACGCACTAGAAACAGCCTTTCCCTTAAACCCACGAGTATGCACAACAAAGCTTCAGAGTAAACAATGATGCGAAATCCATTTAATCTTGGAAAATTAGTTACTTCTCTTTCTTCTTCATATTCTTCCACACCCCATGCCATTCAACCGCCAAAACCTTTCTTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007062
ATGATGCGAAATCCATTTAATCTTGGAAAATTAGTTACTTCTCTTTCTTCTTCATATTCTTCCACACCCCATGCCATTCAACCGCCAAAACCTTTCTTCCCAAATCGAGATGCCCATTTCATTGAATCCATCCAACATCTCTGCCAACAGAAACGGCTGAAAGACGTGATTCCATTGCTAGAAAATCAAGTTCTCCCCCCTCCCGAGGCTTATTCAAGAATCCTGCAACTGTGTATCGAAAAGAGGGCACTAGATGAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790190.1
MMRNPFNLGKLVTSLSSSYSSTPHAIQPPKPFFPNRDAHFIESIQHLCQQKRLKDVIPLLENQVLPPPEAYSRILQLCIEKRALDEGKRVHDHITRSGSGFVAGVFISNKILEMYCKCGSMSDARKLFDEMRERDLCSWNTLISGYARMGMLLEARELFDEMSDRDNFSWTAMISGYVKHKQPADALELYRLMQRNEKLMMCNKFTVSSALAASAAMQSLLLGKEIHGRIIRTGLESDAVVSSALLDVYGKCGSLNEARY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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