Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001162`

染色体: Chr01 坐标: 23614775-23616980 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001162`
名称	SmilChr01G001162
描述	scarecrow-like protein 3
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	23614775 - 23616980 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007081`
GeneID	`131007081`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007081`
原始查询	`SmilChr01G001162`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	scarecrow-like protein 3
产物	scarecrow-like protein 3
Arabidopsis	`AT1G50420` (SCL3) scarecrow-like 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841464] identity=67.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0948200` (P0466H10.34) - identity=49.8; qcov=1.01; evalue=4.75e-136; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03514 (GRAS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007081

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790206.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057790206.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057790206.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790206.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790206.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:23615624`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,B76
`Chr1:23615654`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C1,C44,C70
`Chr1:23615750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B125,B90,B92,D6
`Chr1:23616278`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B125,B90,D6
`Chr1:23616293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C32,C68,D4
`Chr1:23616713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C1,C44,C70
`Chr1:23616740`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790206.1

479 aa

240

479

GRAS

PF03514 GRAS 48-476 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790206.1`	Pfam	`PF03514`	GRAS	Family	48	476	1.3e-123	413.3	GRAS domain family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934223.1
GTATCCAAATATACCACTTGAAATGTGAATTGATTGATGTAGTAAAGGATGAGAAATGCGTTATGTTTTTGAGAAATTGTTGAATTTATTTTTCTTTTTTATGTTATCGAGGAAAAAGCGAAAGATTAGTGTGAAAAGAGAGAAAATGACAAGAGATATCGTAGATAGACAAAGAATGAGAACAAAATTCAAAAATGGGCACTTGTTCTCACAAATTCCATATTCCTTCAAACCCGCTCACGACAAAATCCTCTCTCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007081
ATGTTTCAAGAAGACGGATCTTCATCTGTTACCTCATCTCCGCTGCAAATGTTTCCGATGATGTCGTCATCGTCTCCGCCTAGCTTAATGTCACCTTATCCATGGCTCAAGGATCTCAAGCCTGAAGAGAGAGGATTATACCTAATCCATTTGCTAATCACTTGCGCAAACCATGTCGCATCAGGCAGCCTTGAGAACGCGAACATAGCCCTTGATCAAATATCCCATCTTGCGTCGCCTGATGGCGACACAATGCAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790206.1
MFQEDGSSSVTSSPLQMFPMMSSSSPPSLMSPYPWLKDLKPEERGLYLIHLLITCANHVASGSLENANIALDQISHLASPDGDTMQRIASYFSEALADRILRAWPGVYKAFRSTRISVVAEEIHVRKMFFEFLPFMKVAFVISNQAIIEAMEGEKMVHVIDLNATEPTQWCALIRDLSARPEGPPHLRITGIHQKREVLEQTAHVLIEEAEKLDLPFQFNPVVSKLEDLDVEKLRVKTGEALAISSIMQLHTLLASNCDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器