Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001192`

染色体: Chr01 坐标: 24058342-24059483 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001192`
名称	SmilChr01G001192
描述	F-box protein At1g30200-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	24058342 - 24059483 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007106`
GeneID	`131007106`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007106`
原始查询	`SmilChr01G001192`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein At1g30200-like
产物	F-box protein At1g30200-like
Arabidopsis	`AT5G46170` (AT5G46170) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834659] identity=33.2; qcov=1.12; evalue=4.56e-55; confidence=low
Rice	`Os01g0812200` (OsFbox046) - identity=33.9; qcov=1.06; evalue=6.9e-52; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007106

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057790245.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057790245.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790245.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790245.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790245.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:24058374`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B89,B99,C52
`Chr1:24058473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C3,D8
`Chr1:24058644`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,C13
`Chr1:24058815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr1:24058857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B104,B29
`Chr1:24059024`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B101
`Chr1:24059024`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B101
`Chr1:24059122`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B91
`Chr1:24059122`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B91
`Chr1:24059176`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A2,B29,B53,B71,B97,C15,C79
`Chr1:24059188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr1:24059296`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790245.1

352 aa

176

352

F-box-like

PF12937 F-box-like 15-50 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790245.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	15	50	1.7e-07	31.6	F-box-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934262.1
ATGGATTCGAGCTCCGAAGCAGCTTTTCATTCCGACGATTTCTTCGATCGCTTGCCGGACGACGTCGTGCTGTCGATTTTCGGCAAATTGCAAGACGCGAAATCGCTCTGTCTATCCATGTCCGCGTGCAAGCGGTTCCGATCCATCGCCCCACAGGTCGATCGGATCTTCCTCCCGATCCCTCAGAAGAAGTCCGCCGTCAAGGAATTCGATCAGAAGAATTCGTTCAAAAATCTGGTGATCAGAGCGTTGATGAAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007106
ATGGATTCGAGCTCCGAAGCAGCTTTTCATTCCGACGATTTCTTCGATCGCTTGCCGGACGACGTCGTGCTGTCGATTTTCGGCAAATTGCAAGACGCGAAATCGCTCTGTCTATCCATGTCCGCGTGCAAGCGGTTCCGATCCATCGCCCCACAGGTCGATCGGATCTTCCTCCCGATCCCTCAGAAGAAGTCCGCCGTCAAGGAATTCGATCAGAAGAATTCGTTCAAAAATCTGGTGATCAGAGCGTTGATGAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790245.1
MDSSSEAAFHSDDFFDRLPDDVVLSIFGKLQDAKSLCLSMSACKRFRSIAPQVDRIFLPIPQKKSAVKEFDQKNSFKNLVIRALMKPFHLISQMVKLKPKTEENDLDFYSYYVPNEILKNFQGIRGLHLRLPCHGNQKQSPSKNGKNSTTLLKWRAEFGRELHSCVILGAKAWAEKDADESKEDASRVMPDDELKLRIVWTISCLIAASARHYLMQETVKGLKMIENVVVSDESDQGRLCMNKEQIEEIRQSSKGKGHEM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器