Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001200

染色体: Chr01 坐标: 24160292-24169604 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001200
名称SmilChr01G001200
描述PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向24160292 - 24169604 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007114
GeneID131007114
locus_tag-
NCBI NameLOC131007114
原始查询SmilChr01G001200

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1-like
产物PH%2C RCC1 and FYVE domains-containing protein 1-like
ArabidopsisAT5G19420 (AT5G19420)
Regulator of chromosome condensation (RCC1) family with FYVE zinc finger domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832062]
identity=79.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0384800
-
identity=75.8; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00415 (RCC1); PF01363 (FYVE); PF08381 (BRX); PF13540 (RCC1_2); PF13713 (BRX_N); PF16457 (PH_12); PF16627 (BRX_assoc); PF25390 (WD40_RLD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007114

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057790250.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057790250.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057790250.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790250.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790250.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:24164797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:24165315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C19,C64,C66,C82
Chr1:24166303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790250.1
1108 aa
N
1
554
1108
PH_12
WD40_RLD
RCC1_2
RCC1
RCC1_2
RCC1
RCC1_2
RCC1
RCC1
RCC1_2
RCC1
RCC1_2
RCC1
FYVE
BRX_N
BRX_assoc
BRX
C
PF16457 PH_12 25-131 aa PF25390 WD40_RLD 272-653 aa PF13540 RCC1_2 316-339 aa PF00415 RCC1 332-381 aa PF13540 RCC1_2 370-396 aa PF00415 RCC1 384-434 aa PF13540 RCC1_2 421-448 aa PF00415 RCC1 438-486 aa PF00415 RCC1 501-550 aa PF13540 RCC1_2 538-566 aa PF00415 RCC1 553-602 aa PF13540 RCC1_2 590-617 aa PF00415 RCC1 607-654 aa PF01363 FYVE 658-724 aa PF13713 BRX_N 919-952 aa PF16627 BRX_assoc 965-1028 aa PF08381 BRX 1034-1089 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790250.1 Pfam PF16457 PH_12 Domain 25 131 1.2e-09 39.3 Pleckstrin homology domain
XP_057790250.1 Pfam PF25390 WD40_RLD Repeat 272 653 4.7e-82 276.9 RCC1-like domain
XP_057790250.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 316 339 8.5e-38 127.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 332 381 5.1e-89 293.4 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 370 396 8.5e-38 127.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 384 434 5.1e-89 293.4 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 421 448 8.5e-38 127.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 438 486 5.1e-89 293.4 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 501 550 5.1e-89 293.4 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 538 566 8.5e-38 127.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 553 602 5.1e-89 293.4 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 590 617 8.5e-38 127.9 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 607 654 5.1e-89 293.4 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057790250.1 Pfam PF01363 FYVE Domain 658 724 1.4e-15 57.8 FYVE zinc finger
XP_057790250.1 Pfam PF13713 BRX_N Domain 919 952 1.4e-15 57.4 Transcription factor BRX N-terminal domain
XP_057790250.1 Pfam PF16627 BRX_assoc Disordered 965 1028 2.2e-12 47.7 Unstructured region between BRX_N and BRX domain
XP_057790250.1 Pfam PF08381 BRX Domain 1034 1089 1.2e-29 102.1 Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934267.1
AAAAAGAATAAAAAGGAAAAAAAAGAAGAGAATTAGAAAAGAATTGGAATTCCACAAGTCCACACTCTCTCTCTCTCTCTCTCATATCTGTGCACAGAATAGTACTGTTACACACTCCAGCTGCAAAAGAAACTGTTAATTATCAGATCAAAAACCCATTGAATTTTACTCAACTCGCCTTTCCCTGATCTCCCATTTTCTCTCACAACTCGCATCTTCGCCTCACCGCAGCCGTCAATCGGCTTCGATATTACCCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007114
ATGTCACGCGCCGCCGATAGGATGAGCAGCTCCGACGTCAGCAGAACTGGTGGCCCAATCGAGAGGGATATTGAACAAGCTATCACAGCTCTAAAGAAAGGGGCATACTTACTGAAGTATGGGAGAAGAGGGAAGCCCAAATTTTGCCCATTCCGTCTGGCAAATGATGAATCTGTTCTTATATGGTTCTCGGGTAAAGAGGAGAAACACCTTAAACTTAGTCATGTTTCCAGAATTATATCAGGGCAACGGACTCCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790250.1
MSRAADRMSSSDVSRTGGPIERDIEQAITALKKGAYLLKYGRRGKPKFCPFRLANDESVLIWFSGKEEKHLKLSHVSRIISGQRTPIFQRYPRPEKEYQSFSLIYNDRSLDLICKDKEEAEVWFSGLKALISRGHQRKWRTESRSDGISSGATSPRTYTRRSSPLHSPFGSGDSLQKDGGDQLRLHSPYESPPKNGLDKVFSDAIMYAVPPKGFFPSDSASGSVHSVSSGGSDGIHGHMKGMGVDAFRVSLSSAVSSSSQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器