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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001214`

染色体: Chr01 坐标: 24368871-24372932 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001214`
名称	SmilChr01G001214
描述	uncharacterized SmilChr01G001214
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	24368871 - 24372932 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131004240`
GeneID	`131004240`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131004240`
原始查询	`SmilChr01G001214`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=26.6; qcov=0.336; evalue=3.65e-41; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=29.1; qcov=0.615; evalue=2.28e-108; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131004240

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057786898.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057786898.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057786898.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057786898.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057786898.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:24368889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr1:24368944`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr1:24368948`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	25	A1,A10,A13,A25,A6,B11,B139,B31,B35,B42,B43,B48,B5,B61,B64,B65,C3,C31,C34,C35,C37,C43,C45,C47,C63
`Chr1:24368997`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr1:24369000`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr1:24369009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr1:24369093`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B58,C78,C9
`Chr1:24369146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B24,B25,B76
`Chr1:24369173`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	B13,B134,B16,B24,B25,B49,B7,B76,B9,C13,C25,C62,C75,C9,D3
`Chr1:24369202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B129,B90,B92,C21,D10
`Chr1:24369225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B138,B44,C60,C75
`Chr1:24369229`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786898.1

1353 aa

676

1353

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 496-757 aa PF13966 zf-RVT 1019-1093 aa PF13456 RVT_3 1221-1332 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057786898.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	496	757	1.9e-29	103.7	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057786898.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1019	1093	2.3e-14	54.5	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057786898.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1221	1332	2.8e-12	47.3	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057930915.1
ATGGCCTGGAACATCCGTGGGATGACGGATGAATCCAAGCGTCTGCTCAAGGAGCACTGTAGCTCATTTTCTCCCATTATTCTGGGGCTTTTAGAACCCAAGAAGGCCTTCCATAAAGTTCGCCATTCCTTCTGGACTTCTCTGAATTTGATCCGAGTGCATCAGAACTGCCGTGCACCCCGGTGCTCTAATATCTGGGTTCTGTCTCACCCCTCTGTCATCTCGACCACGGTTTTCTCCTCGGATCAACTGGTTGTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131004240
ATGGCCTGGAACATCCGTGGGATGACGGATGAATCCAAGCGTCTGCTCAAGGAGCACTGTAGCTCATTTTCTCCCATTATTCTGGGGCTTTTAGAACCCAAGAAGGCCTTCCATAAAGTTCGCCATTCCTTCTGGACTTCTCTGAATTTGATCCGAGTGCATCAGAACTGCCGTGCACCCCGGTGCTCTAATATCTGGGTTCTGTCTCACCCCTCTGTCATCTCGACCACGGTTTTCTCCTCGGATCAACTGGTTGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057786898.1
MAWNIRGMTDESKRLLKEHCSSFSPIILGLLEPKKAFHKVRHSFWTSLNLIRVHQNCRAPRCSNIWVLSHPSVISTTVFSSDQLVVVDCSWHSLDFRVVIIHGANDQISRRSRWRDLLRFVSGNTVFIGDFNTVKGAHERISPLTPQRGSCRDFCSFIDDTQFIESPTDGLRFTWSGRRFLPHHVESVLDRAIFSQNFADLWDSIITTDLPRLTSDHSPLVMQCRRATPPGKRQFRFLNMWVQHASFSEMVENSWSRSVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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