当前解析结果
SmilChr01G001234| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001234 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001234 |
| 描述 | mitochondrial fission 1 protein A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 24769529 - 24773415 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131007141 |
|---|---|
| GeneID | 131007141 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007141 |
| 原始查询 | SmilChr01G001234 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mitochondrial fission 1 protein A-like |
| 产物 | mitochondrial fission 1 protein A-like |
| Arabidopsis | AT3G57090 (BIGYIN)Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824876] identity=67.7; qcov=1.01; evalue=1.67e-83; confidence=high |
| Rice | Os05g0383000- identity=70.8; qcov=1; evalue=2.09e-84; confidence=high |
| GO | GO:0000266 (mitochondrial fission); GO:0000422 (autophagy of mitochondrion); GO:0005515 (protein binding); GO:0005741 (mitochondrial outer membrane); GO:0005778 (peroxisomal membrane); GO:0016559 (peroxisome fission) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14852 (Fis1_TPR_N); PF14853 (Fis1_TPR_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007141 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057790283.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057790283.1 |
| 3 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 1.00000 | XP_057790283.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790283.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790283.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:24769760 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790283.1PF14852
Fis1_TPR_N 51-79 aa
PF14853
Fis1_TPR_C 90-142 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790283.1 |
Pfam | PF14852 |
Fis1_TPR_N | Repeat | 51 | 79 | 1.8e-10 | 41.0 | Fis1 N-terminal tetratricopeptide repeat |
XP_057790283.1 |
Pfam | PF14853 |
Fis1_TPR_C | Repeat | 90 | 142 | 1.1e-22 | 80.7 | Fis1 C-terminal tetratricopeptide repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。