Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001253`

染色体: Chr01 坐标: 25172104-25174860 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001253`
名称	SmilChr01G001253
描述	uncharacterized SmilChr01G001253
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	25172104 - 25174860 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017200`
GeneID	`131017200`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017200`
原始查询	`SmilChr01G001253`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsRFP; symbol=OsRFP; hit=Os01g0954400; species=rice; confidence=high
产物	OsRFP; symbol=OsRFP; hit=Os01g0954400; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G19430` (AT5G19430) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832063] identity=53.9; qcov=0.94; evalue=5.58e-75; confidence=high
Rice	`Os01g0954400` (OsRFP) - identity=63.3; qcov=0.843; evalue=9.39e-82; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017200

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801922.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057801922.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801922.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801922.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801922.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:25172368`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr1:25174507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801922.1

249 aa

124

249

zf-C3HC4

zf-RING_2

PF00097 zf-C3HC4 53-95 aa PF13639 zf-RING_2 53-96 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801922.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	53	95	9e-06	26.2	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057801922.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	53	96	1.6e-07	32.1	Ring finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945939.1
AGATTAGGCAGATTGAGCCCGTCTCTGACCCAGCGGCCATTTCTAAGTTACCGCCCTTTCTCCCCCAACCGCCCTTTCTCCGCCTCAGCCGAATACTTCCCCTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTGGTTTCTTTCTCCTATTTCCTCGAATTCGGTATATTTCTTGACAGATATCCGTGGATACATAGTGGACTTGTAGGTTATTGCAGGGATGTCTCGAGCCGTTGTAGTCGGCGGTGTAGCTCTTCATGATCTCGCCATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017200
ATGTCTCGAGCCGTTGTAGTCGGCGGTGTAGCTCTTCATGATCTCGCCATCCATGTCCAGCTTGACATGGAGGGGAACTCGACAGCAGCGGTGGAGGAGACTAACCAAGGGGGTTGTGACACTAACAATAGTAACATCAATAACCATTACGGATTTTGTGCAATATGTTTGGATAAAATAGTACTCCAAGAAACTGCACTTGTAAAAGGTTGCGAGCATGCCTACTGTGTGAATTGCATCTTGCTATGGGCCTCTTGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801922.1
MSRAVVVGGVALHDLAIHVQLDMEGNSTAAVEETNQGGCDTNNSNINNHYGFCAICLDKIVLQETALVKGCEHAYCVNCILLWASCKKEPTCPQCKKPFEFLNIHRALDGSIQDYIFEESVCLLLRASWFKPLVEVVKEELEIVEECYYDDEEDEYPDEYYLGRSSSLCIGNRRWGDNGYVSAGRQEARPFHSSSIHDSGAGSSRQPKKKETPTKEMVGRRAKRALKREAADKAAAAKHQQHLARFGRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器