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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001263

染色体: Chr01 坐标: 25323688-25327501 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001263
名称SmilChr01G001263
描述uncharacterized SmilChr01G001263
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25323688 - 25327501 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006424
GeneID131006424
locus_tag-
NCBI NameLOC131006424
原始查询SmilChr01G001263

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsHAG702; symbol=OsHAG702; hit=Os10g0415900; species=rice; confidence=low
产物OsHAG702; symbol=OsHAG702; hit=Os10g0415900; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G54610 (HAG1)
histone acetyltransferase of the GNAT family 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824626]
identity=75.9; qcov=0.351; evalue=1.17e-22; confidence=low
RiceOs10g0415900 (OsHAG702)
-
identity=81.1; qcov=0.344; evalue=3.89e-25; confidence=low
GOGO:0000123 (histone acetyltransferase complex); GO:0006338 (chromatin remodeling); GO:0010484 (histone H3 acetyltransferase activity); GO:0043966 (GO:0043966); GO:0045944 (positive regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006424

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057789576.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057789576.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789576.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789576.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789576.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25324086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C30
Chr1:25324129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C29,C42,C64
Chr1:25324181 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B12
Chr1:25324217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B129,B51,C21,C77
Chr1:25324223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C45
Chr1:25324225 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:25324247 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C57
Chr1:25324247 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 C57
Chr1:25324630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr1:25324631 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C4
Chr1:25324631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr1:25324636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B138,B73,C4,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933593.1
CACCGGCCGATGCCACCTCCATTTTTCCCTCCCTCTGCCGGCGATTCGACTCACCGGCCGCAACCGCGATCTGCCACCTTTCGCCGCCCGCTAGAGATCTGCTCTTCCACCTTCTCCAATGCCGCCTCCATTTTCCCCTCCCTCCCCCGGCGATTCGACTCACCGGCCGCATTCCACCGCGATTCGCAATGATGAGATCTGCCCCTTCCACAGTTCCACCTTCTGATTCGAGGTCCGGCAAAGGGCGGCTCTTTGCGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006424
ATGATGAGATCTGCCCCTTCCACAGTTCCACCTTCTGATTCGAGGTCCGGCAAAGGGCGGCTCTTTGCGATTTTCGGCGCGAATCGCCACGCCCCTAGATCCCCAAATCCTCACCGCCTCTTTGCGATTTTCAGCGACCACGGCAGCCATGGCCGCCGATCTGCCCCTCCCACCACCAGAAAACCAGAAATTGATATGCCACCTCCCTTCCCCCTATGGTGCCTGGTCCAGAACCGCCGCTCGCCAGCCGCTGTGTTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789576.1
MMRSAPSTVPPSDSRSGKGRLFAIFGANRHAPRSPNPHRLFAIFSDHGSHGRRSAPPTTRKPEIDMPPPFPLWCLVQNRRSPAAVLQSPTTILTSTEEAGGLKFVCMSNDGVDKHMIWLIGLKNIFARQLPNMPREYIVRLLMDRRAPGFEPFL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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