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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001266

染色体: Chr01 坐标: 25347690-25350063 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001266
名称SmilChr01G001266
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g28010-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25347690 - 25350063 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006429
GeneID131006429
locus_tag-
NCBI NameLOC131006429
原始查询SmilChr01G001266

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g28010-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g28010-like
ArabidopsisAT4G28010 (AT4G28010)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828915]
identity=39.7; qcov=0.931; evalue=1.63e-175; confidence=medium
RiceOs07g0621100 (P0594D10.121)
-
identity=36.1; qcov=0.728; evalue=3.89e-113; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006429

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057789581.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789581.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789581.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789581.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789581.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25347848 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B72
Chr1:25347848 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B72
Chr1:25347865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr1:25347881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B40,C50
Chr1:25347917 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B103
Chr1:25347917 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B103
Chr1:25348043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B40,C34,C50
Chr1:25348104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:25348122 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 4 C10,C13,C71,C9
Chr1:25348122 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 4 C10,C13,C71,C9
Chr1:25348132 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:25348140 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 12 B140,B27,B46,B86,C32,C49,C55,C68,C78,C8,D11,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789581.1
723 aa
N
1
362
723
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
TPR_24
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR
C
PF13812 PPR_3 141-191 aa PF13041 PPR_2 149-195 aa PF01535 PPR 152-177 aa PF13812 PPR_3 173-227 aa PF12854 PPR_1 179-210 aa PF13041 PPR_2 181-228 aa PF23276 TPR_24 182-272 aa PF01535 PPR 184-213 aa PF12854 PPR_1 213-245 aa PF13041 PPR_2 216-264 aa PF01535 PPR 219-247 aa PF13812 PPR_3 239-296 aa PF12854 PPR_1 248-279 aa PF13041 PPR_2 251-300 aa PF01535 PPR 256-284 aa PF13812 PPR_3 275-331 aa PF12854 PPR_1 282-314 aa PF13041 PPR_2 286-335 aa PF01535 PPR 289-319 aa PF13812 PPR_3 309-366 aa PF12854 PPR_1 317-349 aa PF01535 PPR 324-353 aa PF13041 PPR_2 324-369 aa PF23276 TPR_24 325-419 aa PF12854 PPR_1 352-384 aa PF13812 PPR_3 355-400 aa PF13041 PPR_2 357-404 aa PF01535 PPR 360-387 aa PF12854 PPR_1 390-420 aa PF13041 PPR_2 391-442 aa PF01535 PPR 394-422 aa PF12854 PPR_1 426-457 aa PF01535 PPR 435-458 aa PF13041 PPR_2 464-512 aa PF01535 PPR 468-496 aa PF01535 PPR 502-530 aa PF13041 PPR_2 536-578 aa PF01535 PPR 538-563 aa PF17177 PPR_long 552-668 aa PF13812 PPR_3 557-615 aa PF13041 PPR_2 568-617 aa PF01535 PPR 571-601 aa PF12854 PPR_1 599-632 aa PF01535 PPR 607-636 aa PF13812 PPR_3 627-671 aa PF01535 PPR 641-671 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789581.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 141 191 1.8e-61 204.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 149 195 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 152 177 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 173 227 1.8e-61 204.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789581.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 179 210 7.6e-124 403.8 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 181 228 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 182 272 1.3e-43 148.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 184 213 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 213 245 7.6e-124 403.8 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 216 264 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 219 247 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 239 296 1.8e-61 204.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789581.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 248 279 7.6e-124 403.8 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 251 300 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 256 284 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 275 331 1.8e-61 204.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789581.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 282 314 7.6e-124 403.8 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 286 335 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 289 319 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 309 366 1.8e-61 204.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789581.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 317 349 7.6e-124 403.8 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 324 353 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 324 369 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 325 419 1.3e-43 148.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057789581.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 352 384 7.6e-124 403.8 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 355 400 1.8e-61 204.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 357 404 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 360 387 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 390 420 7.6e-124 403.8 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 391 442 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 394 422 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 426 457 7.6e-124 403.8 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 435 458 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 464 512 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 468 496 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 502 530 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 536 578 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 538 563 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 552 668 8.5e-36 124.0 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057789581.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 557 615 1.8e-61 204.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789581.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 568 617 3.8e-155 504.7 PPR repeat family
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 571 601 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 599 632 7.6e-124 403.8 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 607 636 7.8e-101 324.3 PPR repeat
XP_057789581.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 627 671 1.8e-61 204.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789581.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 641 671 7.8e-101 324.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933598.1
GTCAGGGTGTGCAGAAGAAAGTAGCGATGGGAATTTCGATAGAGGTGGGGCTTGCCTCCTTCCTCTCGTTAGAATATCTTCTTCCTTATTCAGAAGATGGTGAATCCGTGTGGAATTAGGCATGGCGTTGTCAATGATGCGAAAGAACCTGTTTTTGAACCCACAAAATCTCATACGCATCAATCATTTCGCTACAAACCCACTCGTAAACCCTAATTGCACCAAACTCCAAGAGTTAGACCGGGTGGAAACCAAAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006429
ATGGCGTTGTCAATGATGCGAAAGAACCTGTTTTTGAACCCACAAAATCTCATACGCATCAATCATTTCGCTACAAACCCACTCGTAAACCCTAATTGCACCAAACTCCAAGAGTTAGACCGGGTGGAAACCAAAATCACATCTCTATGTCAAAAACCCAATTCAATCGTAAATTTGCAGAATGCGTGTTCTCTGTTTGAGCAATCTGTGAAAACCGGTCTCGTTCCATCGGGGCCTTCCAGCGATCTTCTTTTGCAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789581.1
MALSMMRKNLFLNPQNLIRINHFATNPLVNPNCTKLQELDRVETKITSLCQKPNSIVNLQNACSLFEQSVKTGLVPSGPSSDLLLQTLVKNKEHRLAFRIYKKMVCAGALPRYLSLSSLVECLVHFSVPQLALGAIGLMLKQGYTVNLYIANVLLNGLCCNGFVVDAEEFLGKMDRNYVSPDRVSFNTLIKGLCREKRLDEAMSVKRIMESANIAPNLITYNILMDAHFVKDRVDGAMRLLEEMRTTGLEPDVFFYDTLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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