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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001272

染色体: Chr01 坐标: 25403245-25405945 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001272
名称SmilChr01G001272
描述calcium-dependent protein kinase 17-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25403245 - 25405945 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016647
GeneID131016647
locus_tag-
NCBI NameLOC131016647
原始查询SmilChr01G001272

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-dependent protein kinase 17-like
产物calcium-dependent protein kinase 17-like
ArabidopsisAT5G12180 (CPK17)
calcium-dependent protein kinase 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831091]
identity=80.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0808400 (OsCDPK2)
-
identity=79.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004683 (calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009931 (calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016647

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057801331.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057801331.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057801331.1
4 Melanosome Melanosome 0.20000 XP_057801331.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801331.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25403481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr1:25403598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr1:25404107 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B98
Chr1:25404107 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 B98
Chr1:25404361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C27
Chr1:25404869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801331.1
518 aa
N
1
259
518
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
EF-hand_8
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_7
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
EF-hand_7
EF-hand_8
EF-hand_6
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
C
PF00069 Pkinase 61-319 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 62-313 aa PF13833 EF-hand_8 367-387 aa PF13202 EF-hand_5 367-389 aa PF00036 EF-hand_1 367-393 aa PF13405 EF-hand_6 367-393 aa PF13499 EF-hand_7 367-427 aa PF13833 EF-hand_8 382-426 aa PF00036 EF-hand_1 402-429 aa PF13202 EF-hand_5 404-424 aa PF13499 EF-hand_7 436-499 aa PF13833 EF-hand_8 437-459 aa PF13405 EF-hand_6 439-467 aa PF13202 EF-hand_5 441-461 aa PF00036 EF-hand_1 441-465 aa PF13833 EF-hand_8 472-500 aa PF00036 EF-hand_1 473-500 aa PF13202 EF-hand_5 474-498 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801331.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 61 319 5.6e-78 262.7 Protein kinase domain
XP_057801331.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 62 313 1.7e-28 100.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057801331.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 367 387 1.8e-19 69.9 EF-hand domain pair
XP_057801331.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 367 389 3.8e-25 86.9 EF hand
XP_057801331.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 367 393 5.2e-34 114.0 EF hand domain
XP_057801331.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 367 393 2e-27 92.9 EF-hand domain
XP_057801331.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 367 427 9.5e-36 122.7 EF-hand domain pair
XP_057801331.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 382 426 1.8e-19 69.9 EF-hand domain pair
XP_057801331.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 402 429 5.2e-34 114.0 EF hand domain
XP_057801331.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 404 424 3.8e-25 86.9 EF hand
XP_057801331.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 436 499 9.5e-36 122.7 EF-hand domain pair
XP_057801331.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 437 459 1.8e-19 69.9 EF-hand domain pair
XP_057801331.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 439 467 2e-27 92.9 EF-hand domain
XP_057801331.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 441 461 3.8e-25 86.9 EF hand
XP_057801331.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 441 465 5.2e-34 114.0 EF hand domain
XP_057801331.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 472 500 1.8e-19 69.9 EF-hand domain pair
XP_057801331.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 473 500 5.2e-34 114.0 EF hand domain
XP_057801331.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 474 498 3.8e-25 86.9 EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945348.1
AATGAGGTGAACCAACCATGGATAATAGCCTCTCCGCAAAATGGTGGGAAACACAAAAATTAGTGTATGTTTTAGGGAAATATACGGAAAAAGGAGAAAGGCAGAGTAACCGCTGCATGCATATGCATTGGCCCCATATCTCTCTCTAAACCAATAACTAAGTTATAGATCCAACCCACCCCCCTAATACCTAGAAAGCTTCCCTCTTAGAAAGGAATCCATACAATGGGCAGCTGCTGCTCCCGGAGCTCCGAAGAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016647
ATGGGCAGCTGCTGCTCCCGGAGCTCCGAAGAAGATGCTCCGGCAGAGCCAACTCACGACGGCGCAGAGGGAGCAGCCACAGCCACCACCCCGCCCCGGCCCCAGACGCACCCGTCCCCATCCAAGAACGCCCCCATAGGCCCTGTCCTCGGCCGCCCCATGGAGGACGTCCGCAACAGCTACACCATGGGCAAGGAGCTGGGCCGCGGCCAGTTCGGCGTGACCCACCTCTGCACCAACAAGCACACCGGCGAGCAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801331.1
MGSCCSRSSEEDAPAEPTHDGAEGAATATTPPRPQTHPSPSKNAPIGPVLGRPMEDVRNSYTMGKELGRGQFGVTHLCTNKHTGEQFACKTIAKRKLANNEDVEDVRREVQIMHHLTGQPNIVQLRGAYEDKHSVHLVMELCAGGELFDRIISKGHYTERAAASLLRTIVQIVHTCHSMGVIHRDLKPENFLLLSKDEDAPLKATDFGLSVFYKEGEIFKDIVGSAYYIAPEVLKRRYGPEADIWSVGVMLYILLSGVPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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