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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001274

染色体: Chr01 坐标: 25429575-25430228 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001274
名称SmilChr01G001274
描述uncharacterized SmilChr01G001274
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25429575 - 25430228 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005100
GeneID131005100
locus_tag-
NCBI NameLOC131005100
原始查询SmilChr01G001274

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=35.3; qcov=0.691; evalue=1.59e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005100

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057787896.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057787896.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057787896.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787896.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787896.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25429616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr1:25429626 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 54 A11,A2,A22,A5,B1,B10,B107,B111,B112,B118,B131,B135,B137,B139,B19,B21,B32,B34,B35,B37,B41,B44,B46,B54,B63,B76,B77,B91,B93,C18,C2,C20,C27,C31,C32,C37,C38,C39,C43,C45,C48,C55,C56,C57,C60,C68,C73,C78,C8,C80,C85,D11,D4,D6
Chr1:25429636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B18,C62,C66
Chr1:25429678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:25429799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr1:25429806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B12,D7
Chr1:25429842 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B138,B78,C33,C35,C43,C44,C46,C83
Chr1:25429858 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:25429869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:25429899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B24,C25,C43,C53
Chr1:25429921 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 31 A25,B127,B130,B133,B16,B24,B27,B37,B39,B5,B53,B56,B79,B83,C13,C14,C15,C23,C25,C43,C50,C53,C58,C66,C71,C73,C76,C82,C85,D11,D6
Chr1:25429936 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 32 A25,A4,B127,B130,B133,B16,B24,B27,B37,B39,B5,B53,B56,B79,C13,C14,C15,C17,C23,C43,C50,C53,C58,C66,C68,C71,C73,C76,C8,C82,C85,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931913.1
ATGGAACATATATTATTGCCTGCACCACCTAAACTCCCCAACCGTGAAGTCCGAATGATCACCGAAGGGAAAGTGGACGGGACCTCCAACAGGGCTAGAAAAACGGTAATCAGAGCTGCAAGAGGTAAAGCAGGGCAGGTGATGGTGATTACCCACACGCCTAACGATCCCGAGATCTCCTTCGGGCCTAAGGATGAAAGGCCACTGATACACCCACACACGAACGCCCTGGTATGCACGGTCGAATTGGCATTATGCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005100
ATGGAACATATATTATTGCCTGCACCACCTAAACTCCCCAACCGTGAAGTCCGAATGATCACCGAAGGGAAAGTGGACGGGACCTCCAACAGGGCTAGAAAAACGGTAATCAGAGCTGCAAGAGGTAAAGCAGGGCAGGTGATGGTGATTACCCACACGCCTAACGATCCCGAGATCTCCTTCGGGCCTAAGGATGAAAGGCCACTGATACACCCACACACGAACGCCCTGGTATGCACGGTCGAATTGGCATTATGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787896.1
MEHILLPAPPKLPNREVRMITEGKVDGTSNRARKTVIRAARGKAGQVMVITHTPNDPEISFGPKDERPLIHPHTNALVCTVELALCLVHRTFVDTESSVNILYQDCLEAVNINAQLKQTTDPLYGFPGEMVMPAGQIELPLTMGSPAAKQTRIVEFLVISQTKPAYNVILGRPTLDAFRAVVSMYYLKMKFPIEGGIGEVYGNQLAAKECYAQTVSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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