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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001283

染色体: Chr01 坐标: 25603850-25605025 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001283
名称SmilChr01G001283
描述uncharacterized SmilChr01G001283
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25603850 - 25605025 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016732
GeneID131016732
locus_tag-
NCBI NameLOC131016732
原始查询SmilChr01G001283

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]; symbol=AT3G07510; hit=AT3G07510; species=arabidopsis; confidence=medium
产物maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]; symbol=AT3G07510; hit=AT3G07510; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G07510 (AT3G07510)
maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]
identity=52.8; qcov=0.744; evalue=4.55e-43; confidence=medium
RiceOs10g0178200
-
identity=51.1; qcov=0.644; evalue=1.14e-40; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016732

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801426.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801426.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801426.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801426.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801426.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25604285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C11
Chr1:25604345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr1:25604389 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 13 A14,B112,B139,B17,B55,B86,C21,C22,C34,C44,C45,C7,D4
Chr1:25604391 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 6 A11,B131,B62,C23,C49,C7
Chr1:25604395 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B110,C13
Chr1:25604395 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B110,C13
Chr1:25604437 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 60 A11,A20,A23,A25,A6,B107,B11,B112,B118,B119,B12,B131,B135,B136,B139,B14,B4,B40,B48,B51,B53,B54,B56,B57,B6,B60,B62,B63,B67,B68,B76,B8,B87,B89,B94,C20,C21,C23,C26,C27,C31,C34,C40,C42,C45,C47,C49,C50,C57,C59,C6,C61,C62,C66,C68,C7,C72,C85,C86,D10
Chr1:25604723 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B89,B99,C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945443.1
GCCAAAAACTAAGTTGAAGTTATAGCATTTGTCTAAATTAAAAGACCAAGACTGCTGATTAACATCTAATGATTCCGCGAAGCAATGAGGGAAAATGACATTTTCGTCTAGTAGTTAACCAAACCTTGTATATAAATAGTGGTCACACTCTCACACTTCAAAACTCATAAGTATAGCCAAATTACATCAACCTGAGTTAACATATATTTAATCAGAAACAAAATGATGAACAGCAGGCGTCACACCATCGTCCCCGTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016732
ATGATGAACAGCAGGCGTCACACCATCGTCCCCGTCTCCTCTCCAACTTTACACGGAATGGAAATGCAAGCCGCCGGCGCCGCCAGCTCGGCGGACAGCGGGAAGAACACGAGCATCCACGTGACGGCCCTCGACGGCATAGTGAACGTCAACTCACTCTTCACCATGGCGACGTTCATCGGGTTTTCCATGACCGTCCCACAGAACTCCACCACCGCGTCAAGCGCAGCGTGCACCACCAGCGCCGAGACGGTGAGGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801426.1
MMNSRRHTIVPVSSPTLHGMEMQAAGAASSADSGKNTSIHVTALDGIVNVNSLFTMATFIGFSMTVPQNSTTASSAACTTSAETVRRLIVFEVLSFSFFLFSSLVAQSLKLQINLRNNMDPTDPHRADINVDHLKYCLFASAVGSVLGCTFLTMSVVDFIRVKLGSLSCGGEPVYAVVTLVIFVGSGLLIYVITAARAAFFVQIQPPAAAADSQQNLQT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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