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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001286

染色体: Chr01 坐标: 25633562-25634590 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001286
名称SmilChr01G001286
描述uncharacterized SmilChr01G001286
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25633562 - 25634590 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016740
GeneID131016740
locus_tag-
NCBI NameLOC131016740
原始查询SmilChr01G001286

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]; symbol=AT3G07510; hit=AT3G07510; species=arabidopsis; confidence=medium
产物maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]; symbol=AT3G07510; hit=AT3G07510; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G07510 (AT3G07510)
maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]
identity=50.9; qcov=0.724; evalue=2.96e-41; confidence=medium
RiceOs10g0178200
-
identity=51.1; qcov=0.627; evalue=1.38e-39; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016740

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801439.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801439.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801439.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801439.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801439.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25633748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B104,D10
Chr1:25634122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr1:25634200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr1:25634276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:25634378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr1:25634495 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 47 A10,A19,A7,B101,B109,B117,B13,B130,B134,B17,B2,B24,B27,B31,B35,B4,B53,B58,B61,B67,B68,B69,B81,B85,B95,B96,C14,C17,C19,C20,C26,C28,C29,C3,C42,C48,C51,C62,C64,C66,C74,C75,C79,C87,D2,D3,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945456.1
CCAAATGATTCCTCTTAACAATGTATATTTATAAAGGAAAGTGGCATGTTTGTCCATAATACCAAACCTTCTATAAATACTCACACACACACACACTTCAAATTTTAACGATATTTACATCAACAACAGCAAAGTAAATCACATACATATTTCAACAAACAAAATAATGAGCAGAAGGCGTCCAAGCATCTTCCCCATTTCCTCTCCAACTTTAAACGGATTGGAAATGCAAGACAACACAAGTACCGCCCCTGCCGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016740
ATGAGCAGAAGGCGTCCAAGCATCTTCCCCATTTCCTCTCCAACTTTAAACGGATTGGAAATGCAAGACAACACAAGTACCGCCCCTGCCGCCGCAGCTCCGACAGCAACCGCCGCCCCCGCTGCCGGGCAGACGAGCATCCACGTGACGGCCCTTGACGGCATAGTGAACGTGAACTCCCTCTTCACGATGTCGTTATTCATAGGGTTTTCCATGACCGTCCCGGAAAACGCCACCGCGGGGGCGAGCGCGGCGTGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801439.1
MSRRRPSIFPISSPTLNGLEMQDNTSTAPAAAAPTATAAPAAGQTSIHVTALDGIVNVNSLFTMSLFIGFSMTVPENATAGASAACTTSAETVRRLIVFEVISFSFFLFSSLVAQSLKLQINLRNNMDAGDPHKADISIDHLKYCLLGSAVGSVLGCTFLMLSIVDFIRVKLGSLSCGGEPVYAVVTLLVFVGSGLLVYVITAARAAFVVQKGPPPAAVEENLQS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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