Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001289

染色体: Chr01 坐标: 25679785-25682271 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001289
名称SmilChr01G001289
描述bidirectional sugar transporter SWEET5-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25679785 - 25682271 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016764
GeneID131016764
locus_tag-
NCBI NameLOC131016764
原始查询SmilChr01G001289

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bidirectional sugar transporter SWEET5-like
产物bidirectional sugar transporter SWEET5-like
ArabidopsisAT5G62850 (AtVEX1)
Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836406]
identity=46.1; qcov=0.983; evalue=8.53e-71; confidence=high
RiceOs01g0605700 (OsSWEET6b)
-
identity=46.6; qcov=1; evalue=1.69e-69; confidence=high
GOGO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03083 (MtN3_slv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016764

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801474.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801474.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801474.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801474.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801474.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25681487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,C10,C2
Chr1:25681605 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C39
Chr1:25681605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr1:25681700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801474.1
234 aa
N
1
117
234
MtN3_slv
MtN3_slv
C
PF03083 MtN3_slv 10-97 aa PF03083 MtN3_slv 133-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801474.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 10 97 1.2e-36 125.3 Sugar efflux transporter for intercellular exchange
XP_057801474.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 133 215 1.2e-36 125.3 Sugar efflux transporter for intercellular exchange

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945491.1
TTTTAGCATTTCAGTTGCCAAATTACTCACGTTCTTAGCGTGATGCACTGATCGCCCCTTCACCCTCTCTGTCTCTCTCTCTCACACACTCACGCACTCGCACACTTGAAGGCTTTCGTCTTTCGTGGATGATACGATATTTGCTGCCGTGAATATGTACGGACAAAGCCTCGCTCGTTTCATCATCGGCATTGTTGGCAATGTCCTCTCTCTGTTGCTGTTCCTGTCTCCTGGGCCAACTTGTTTGAGAATATGGCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016764
ATGTACGGACAAAGCCTCGCTCGTTTCATCATCGGCATTGTTGGCAATGTCCTCTCTCTGTTGCTGTTCCTGTCTCCTGGGCCAACTTGTTTGAGAATATGGCGGAACCAAACCACAGAGGAGTTCCACCCTTATCTGTACCTCGCCTCCGTGATGAACTGCATGTTCTGGGTATTCTATGGTTTACCAGTGGTTCATCCTGACAGCATTCTTGTGATCTCAATCAATTCAGCTGGCCTTATTCTCGAGCTGATTTACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801474.1
MYGQSLARFIIGIVGNVLSLLLFLSPGPTCLRIWRNQTTEEFHPYLYLASVMNCMFWVFYGLPVVHPDSILVISINSAGLILELIYLGIFFRYTTNRKRAIIICLLIVEIIMLAIVALITFLCFHSHTSRSMFVGIICVVCGIIMYASPLSVIGQVMKSQDPEFMPFWVCLAGFSNGVVWLIYACLKSFDLYIATGNGLGAAFGLFQLSVYAYYTFGAKRGGSVQSEVKHCEII

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器