当前解析结果
SmilChr01G001293| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001293 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001293 |
| 描述 | F-box protein At2g32560-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 25757930 - 25762497 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016796 |
|---|---|
| GeneID | 131016796 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016796 |
| 原始查询 | SmilChr01G001293 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | F-box protein At2g32560-like |
| 产物 | F-box protein At2g32560-like |
| Arabidopsis | AT2G32560 (AT2G32560)F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817817] identity=57.2; qcov=1.01; evalue=1.55e-158; confidence=high |
| Rice | Os01g0281000 (OsFbox006)- identity=60.6; qcov=0.808; evalue=7.72e-144; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016796 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057801517.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801517.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801517.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057801517.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057801517.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:25759118 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr1:25759367 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B27,B94,C49 |
Chr1:25759459 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B82,C65 |
Chr1:25759473 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C48 |
Chr1:25759580 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr1:25759614 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr1:25761977 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801517.1PF00646
F-box 89-130 aa
PF12937
F-box-like 89-130 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801517.1 |
Pfam | PF00646 |
F-box | Domain | 89 | 130 | 1e-07 | 32.3 | F-box domain |
XP_057801517.1 |
Pfam | PF12937 |
F-box-like | Domain | 89 | 130 | 4.5e-08 | 33.5 | F-box-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。