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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001298

染色体: Chr01 坐标: 25852533-25856306 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001298
名称SmilChr01G001298
描述Holliday junction resolvase MOC1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25852533 - 25856306 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016815
GeneID131016815
locus_tag-
NCBI NameLOC131016815
原始查询SmilChr01G001298

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Holliday junction resolvase MOC1, chloroplastic
产物Holliday junction resolvase MOC1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G26840 (AT2G26840)
MutS2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817225]
identity=59; qcov=0.707; evalue=1.24e-80; confidence=high
RiceOs01g0268900
-
identity=62.3; qcov=0.548; evalue=3.85e-63; confidence=medium
GOGO:0008821 (crossover junction DNA endonuclease activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016815

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057801551.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057801551.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801551.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801551.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801551.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25852616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr1:25852839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:25852841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr1:25852974 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C12,C55,C6
Chr1:25855197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C48
Chr1:25855461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr1:25855494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B16
Chr1:25856003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945568.1
GAGTTGGAGTATGAGACATACCTAACTGTAAAAAAAGGTGATACAGTAGCTCTCTTCTCAATCTTGCTCAATTTTCATGGAAGCAGCTGCACTCCCATTCCCTCCAAAACCCCAATTTTTTATGTCCCCATCCATCGCCTTCAGACCTGCTCCACCACTCCTCCTCCGCTACACTCCCGCCGCGTTCAGGCTCTTCGCCACCTCCCCCTCCCCCTCCGCCTCCGCCACCACCCATGAGCCGGAAACACTAACAATTCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016815
ATGGAAGCAGCTGCACTCCCATTCCCTCCAAAACCCCAATTTTTTATGTCCCCATCCATCGCCTTCAGACCTGCTCCACCACTCCTCCTCCGCTACACTCCCGCCGCGTTCAGGCTCTTCGCCACCTCCCCCTCCCCCTCCGCCTCCGCCACCACCCATGAGCCGGAAACACTAACAATTCCGGAGACCTCAACTTCAAAAAAGTCGAGGTCTAATGCCAGGACAGGGAGCAGTGCCAGGGGTAAAAAGGTGGTTATAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801551.1
MEAAALPFPPKPQFFMSPSIAFRPAPPLLLRYTPAAFRLFATSPSPSASATTHEPETLTIPETSTSKKSRSNARTGSSARGKKVVIDAQQLKLNWLESLSCPRSENDEIRAPDDSGPGNADSRWVIGVDPDLCGALAVLKPDNSAQVYDSPHLKALVGKRVRRRLDLKSMIQLLQKVDAPTGTTAYIEQSSPCPQDGKQGWWSGGFGYGLWLGVLVASGYSVVPVPSLLWKNSFKLAGSHSSKDNSRELATTLFPALSPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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