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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001306

染色体: Chr01 坐标: 26006197-26012028 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001306
名称SmilChr01G001306
描述early nodulin-like protein 18
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向26006197 - 26012028 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016891
GeneID131016891
locus_tag-
NCBI NameLOC131016891
原始查询SmilChr01G001306

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 18
产物early nodulin-like protein 18
ArabidopsisAT1G08500 (ENODL18)
early nodulin-like protein 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837371]
identity=61.3; qcov=0.841; evalue=6.81e-79; confidence=high
RiceOs01g0281600 (OsENODL4)
-
identity=54.2; qcov=0.789; evalue=1.46e-58; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG-
PfamPF02298 (Cu_bind_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801665.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801665.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801665.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801665.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801665.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:26006363 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B46,C64
Chr1:26006363 T TA 1bp_insertion CDS_variant 2 B46,C64
Chr1:26006504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr1:26006513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B70
Chr1:26006528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B104,B70,C37,C8
Chr1:26006531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B133,B27,B94,C49
Chr1:26006578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C48,C59
Chr1:26006583 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C37,C8
Chr1:26006597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:26006660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C86
Chr1:26006710 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,C62,C64,C66
Chr1:26006714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B1,B104,B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801665.1
227 aa
N
1
114
227
Cu_bind_like
C
PF02298 Cu_bind_like 41-138 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801665.1 Pfam PF02298 Cu_bind_like Domain 41 138 2.2e-15 57.2 Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945682.1
TTTTAAAGTAAATTAGTTATGGCGTCCTGCTCTGTACAGTATTATATACCACATAAACATCCATCTAAATTAAAGGCTAAGTTTACACACACTACATTATATGAGAGAGAGAGAGAGAGGAATTGCATTAATTTGACTTTTTAGAGAGGAAGGAATATATATTGAAGGAGGCTGTGAAAGAAAATAGGCAGTAATGAGAATGGGAAAGAAGCGTGGTTTGATCTTCTTCTTTCTCATCATCTCTCTCTCTCTCTACGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016891
ATGAGAATGGGAAAGAAGCGTGGTTTGATCTTCTTCTTTCTCATCATCTCTCTCTCTCTCTACGTTGATGCCTACAAAAACTACACCGTCGGCGATTCCCTCGGCTGGTACGACATCCTCGAAAACTCCAAAATCGACTACCACAAATGGACTGCTGGCAAGAACTTCTCCCTCGGCGACTTCCTCATTTTCAACACGGACAACAACCACACGGTGATCCAGACTTACAACTTCACAACGTACAAGCTCTGCGACTACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801665.1
MRMGKKRGLIFFFLIISLSLYVDAYKNYTVGDSLGWYDILENSKIDYHKWTAGKNFSLGDFLIFNTDNNHTVIQTYNFTTYKLCDYNNALDNDTIEWSAADPSATTPQSVSVAVPLTKVGMTYFFSSDYDGEQCLNGQRFQINVTYGQGLPPSLRPDDGSPGPVSPESGDDESVPDTLVPSNFDNPKDTTDDQDETSNSIPLSAFSKLIGIQLHGLLIVLGFFILYC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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