当前解析结果
SmilChr01G001306| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001306 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001306 |
| 描述 | early nodulin-like protein 18 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 26006197 - 26012028 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016891 |
|---|---|
| GeneID | 131016891 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016891 |
| 原始查询 | SmilChr01G001306 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 18 |
| 产物 | early nodulin-like protein 18 |
| Arabidopsis | AT1G08500 (ENODL18)early nodulin-like protein 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837371] identity=61.3; qcov=0.841; evalue=6.81e-79; confidence=high |
| Rice | Os01g0281600 (OsENODL4)- identity=54.2; qcov=0.789; evalue=1.46e-58; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016891 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057801665.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801665.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801665.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801665.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057801665.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:26006363 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B46,C64 |
Chr1:26006363 |
T |
TA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B46,C64 |
Chr1:26006504 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr1:26006513 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,B70 |
Chr1:26006528 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A15,B104,B70,C37,C8 |
Chr1:26006531 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B133,B27,B94,C49 |
Chr1:26006578 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,C48,C59 |
Chr1:26006583 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C37,C8 |
Chr1:26006597 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr1:26006660 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B8,C86 |
Chr1:26006710 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,C62,C64,C66 |
Chr1:26006714 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B1,B104,B70 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801665.1PF02298
Cu_bind_like 41-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801665.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 41 | 138 | 2.2e-15 | 57.2 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。