Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001312

染色体: Chr01 坐标: 26100536-26102539 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001312
名称SmilChr01G001312
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向26100536 - 26102539 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016966
GeneID131016966
locus_tag-
NCBI NameLOC131016966
原始查询SmilChr01G001312

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL3
产物probable serine/threonine-protein kinase PBL3
ArabidopsisAT1G69790 (AT1G69790)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843315]
identity=67.8; qcov=0.835; evalue=1.08e-155; confidence=high
RiceOs10g0405100 (OsRLCK299)
-
identity=65.6; qcov=0.871; evalue=4.66e-157; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016966

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801801.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057801801.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801801.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801801.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801801.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:26101226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B5,C42,C43
Chr1:26101262 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 12 A10,A18,B101,B22,B24,B38,B39,B68,B84,B91,C12,C3
Chr1:26101417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:26101485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B7,D9
Chr1:26101638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B140,C24,C25,C9
Chr1:26101888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B70
Chr1:26101954 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B138,B70
Chr1:26101993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:26101999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:26102063 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 5 B77,C10,C7,C74,D1
Chr1:26102063 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 5 B77,C10,C7,C74,D1
Chr1:26102109 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801801.1
368 aa
N
1
184
368
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 63-340 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 64-341 aa
XP_057801808.1
364 aa
N
1
182
364
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 59-336 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 60-337 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801801.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 63 340 2.6e-47 162.1 Protein kinase domain
XP_057801801.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 64 341 1.3e-48 166.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057801808.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 59 336 2.6e-47 162.2 Protein kinase domain
XP_057801808.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 60 337 1.9e-48 165.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945825.1
ATAATGTAAGTTGCATTAATAATAAAAAGTTTGTCCACATTTAGCATACATTGGGACCATACAATGCAAAGACAAATAATCTACATGTCAGTCAATGTCATCATTTTCAAAGTAGATTTTCTTCACCCTTGACTAAATAACAACCCCACCCCACCCCCACCCCCCCTCTCTCCTTGGGGGTTAAGGGAGGAGGATGGGTTCTTCAAACTTCAAACCTCCATCTTCATTTCCCATAATTCAAGCACACTTGCAATGGGGCT...
XM_057945818.1
ACATGTCAGTCAATGTCATCATTTTCAAAGTAGATTTTCTTCACCCTTGACTAAATAACAACCCCACCCCACCCCCACCCCCCCTCTCTCCTTGGGGGTTAAGGGAGGAGGATGGGTTCTTCAAACTTCAAACCTCCATCTTCATTTCCCATAATTCAAGCACACTTGCAATGGGGCTGTGCCTCGGAAAATCTGCTAAACTTGCCCATGCTTCTTCTGGTCAATTCTCAGGTGTTGTGACAGGCAATGCAAATGCCGAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016966
ATGGGGCTGTGCCTCGGAAAATCTGCTAAACTTGCCCATGCTTCTTCTGGTCAATTCTCAGGTGTTGTGACAGGCAATGCAAATGCCGAGGGGAAGAATGAGTTATGCAGCACGTTGTTGAGTGAGAAGAGCGACCTGAAATCCTTCACATTCAGCGATCTGAAGAATGCGACTCGCAACTTCCGGTCCGACAGCCTCCTCGGCGAGGGGGGCTTCGGTTACGTCTTCAAAGGATGGATAGACGAGCAGAGCTTCGCCCC...
LOC131016966
ATGGGGCTGTGCCTCGGAAAATCTGCTAAACTTGCCCATGCTTCTTCTGGTCAATTCTCAGGCAATGCAAATGCCGAGGGGAAGAATGAGTTATGCAGCACGTTGTTGAGTGAGAAGAGCGACCTGAAATCCTTCACATTCAGCGATCTGAAGAATGCGACTCGCAACTTCCGGTCCGACAGCCTCCTCGGCGAGGGGGGCTTCGGTTACGTCTTCAAAGGATGGATAGACGAGCAGAGCTTCGCCCCCTGCCGCCCCGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801801.1
MGLCLGKSAKLAHASSGQFSGVVTGNANAEGKNELCSTLLSEKSDLKSFTFSDLKNATRNFRSDSLLGEGGFGYVFKGWIDEQSFAPCRPGTGLVVAVKKLKAESVQGHREWLAEVNYLGLLHHQNLVKLIGYCSESEKKLLVYEYMPKGSLENHLFRKGVQLMPWPTRMRIAMDVARGLAFLHSLDANVIYRDLKAANVLLDSEFNAKLSDFGLAREGPKGDRTHVSTRVVGTRGYAAPEYVATGHLTPKSDVYSFGVV...
XP_057801808.1
MGLCLGKSAKLAHASSGQFSGNANAEGKNELCSTLLSEKSDLKSFTFSDLKNATRNFRSDSLLGEGGFGYVFKGWIDEQSFAPCRPGTGLVVAVKKLKAESVQGHREWLAEVNYLGLLHHQNLVKLIGYCSESEKKLLVYEYMPKGSLENHLFRKGVQLMPWPTRMRIAMDVARGLAFLHSLDANVIYRDLKAANVLLDSEFNAKLSDFGLAREGPKGDRTHVSTRVVGTRGYAAPEYVATGHLTPKSDVYSFGVVLLEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器