Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001359`

染色体: Chr01 坐标: 26928921-26930121 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001359`
名称	SmilChr01G001359
描述	NDR1/HIN1-like protein 10
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	26928921 - 26930121 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005338`
GeneID	`131005338`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005338`
原始查询	`SmilChr01G001359`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NDR1/HIN1-like protein 10
产物	NDR1/HIN1-like protein 10
Arabidopsis	`AT2G27260` (AT2G27260) Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817268] identity=37.9; qcov=0.595; evalue=1.07e-37; confidence=medium
Rice	`Os07g0531500` (P0681F05.132) - identity=28.8; qcov=0.471; evalue=3.97e-20; confidence=low
GO	GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF03168 (LEA_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005338

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057788239.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788239.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788239.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788239.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788239.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:26928925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,C56
`Chr1:26928938`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr1:26928939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,C34,C50,C86
`Chr1:26928940`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,C34,C50,C86
`Chr1:26929123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A21,B99
`Chr1:26929123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B99
`Chr1:26929126`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B99,C10,C78,C79
`Chr1:26929126`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B99,C10,C78,C79
`Chr1:26929131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,B7,C21,D7
`Chr1:26929144`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B16,B78,B95,C81
`Chr1:26929146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,B37
`Chr1:26929149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788239.1

346 aa

173

346

LEA_2

PF03168 LEA_2 89-185 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788239.1`	Pfam	`PF03168`	LEA_2	Domain	89	185	6e-07	30.6	Late embryogenesis abundant protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932256.1
ATGCGGAATATTTTTAAGGGCAAAGTGGGCTCCATCCCCAACCAGCAGCAGAACTACCAATACGACGCCGAGTCCGTCCGCCGCGCCACCTGCCTCCGCCGCATCTTCGCTTTCGTGATCGGCCTCATCGTCATCTTCGGCACAGTCACCTTCATCGTCTGGCTCATCCTTCGCCCCCAGCTCCCCGAGTTTCGAGTCGACTCCTTGTCTATATCCAATTTCACGCTCGACAACGACTTGCTCATCTCCTTCACCTCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005338
ATGCGGAATATTTTTAAGGGCAAAGTGGGCTCCATCCCCAACCAGCAGCAGAACTACCAATACGACGCCGAGTCCGTCCGCCGCGCCACCTGCCTCCGCCGCATCTTCGCTTTCGTGATCGGCCTCATCGTCATCTTCGGCACAGTCACCTTCATCGTCTGGCTCATCCTTCGCCCCCAGCTCCCCGAGTTTCGAGTCGACTCCTTGTCTATATCCAATTTCACGCTCGACAACGACTTGCTCATCTCCTTCACCTCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788239.1
MRNIFKGKVGSIPNQQQNYQYDAESVRRATCLRRIFAFVIGLIVIFGTVTFIVWLILRPQLPEFRVDSLSISNFTLDNDLLISFTSEIKLTAKNPNKKMKLGYDHIETAIYYQSYSLSETTVVPFYQGTKNETSLTARFAAAGSFLEKVAVDEITGERGKNDNVNFNLRMLSRVRFEAKVWRTRRRFLKVFCGDLVLGLPTSGRSGVLTGGPRQCRVEAFPLSLNHQNRFLSPFSPLSSLISLCFSPLSLSLRHCSLLRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器