Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001362`

染色体: Chr01 坐标: 26968437-26969269 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001362`
名称	SmilChr01G001362
描述	uncharacterized SmilChr01G001362
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	26968437 - 26969269 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017517`
GeneID	`131017517`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017517`
原始查询	`SmilChr01G001362`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0256300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os11g0256300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os11g0256300` - identity=36.4; qcov=0.631; evalue=1.16e-08; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF06839 (Zn_ribbon_GRF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017517

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057802269.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.60000	`XP_057802269.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057802269.1`
4	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057802269.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802269.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:26968473`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	41	A8,B100,B107,B109,B113,B114,B119,B125,B129,B131,B138,B139,B2,B25,B33,B35,B45,B6,B61,B7,B72,B80,B87,B90,B91,B97,C11,C12,C14,C19,C2,C22,C29,C34,C44,C45,C51,C69,C75,C78,D1
`Chr1:26968486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	121	A1,A11,A14,A16,A19,A2,A24,A25,A3,A4,A5,A8,B10,B100,B105,B108,B111,B112,B117,B118,B121,B122,B124,B125,B126,B127,B129,B13,B130,B131,B136,B140,B15,B17,B18,B20,B26,B27,B28,B3,B31,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B48,B49,B52,B53,B54,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B69,B73,B77,B78,B81,B84,B85,B87,B89,B91,B92,B98,B99,C1,C13,C17,C2,C20,C26,C28,C29,C30,C31,C35,C37,C40,C41,C43,C45,C47,C48,C49,C53,C55,C58,C61,C65,C70,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C87,D10,D3,D4,D9
`Chr1:26968521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B38,B58,C10,C79
`Chr1:26968522`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B14,B50,C36,D11,D8
`Chr1:26968553`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B29,B3,B59
`Chr1:26968559`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	34	A11,A21,A22,A7,A8,B101,B12,B135,B14,B17,B19,B3,B67,B69,B8,B95,C1,C10,C18,C19,C31,C38,C43,C44,C55,C56,C57,C65,C72,C75,C8,C80,C9,D9
`Chr1:26968589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B8
`Chr1:26968621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr1:26968623`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C22
`Chr1:26968625`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B18,B4,C21
`Chr1:26968625`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B18,B4,C21
`Chr1:26968626`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B7,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802269.1

122 aa

122

Zn_ribbon_GRF

PF06839 Zn_ribbon_GRF 23-64 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802269.1`	Pfam	`PF06839`	Zn_ribbon_GRF	Domain	23	64	1.9e-08	34.9	GRF zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009099645.1
TTCCGTTTTTTCCCTCAATCTTTGAACTTCCCACAGAAAATCATCAACTTTCAATTTTTCCTAATTATCCCATGTCGGGTTTTCCGGCCAATTTCGAGTACACGTGGAACCGGAATTAAATGACGTGGAATCGCCGGATTCTTAACAAAACGACGCAGTATCTAAGAATTCCTTCCAAATCTTGCAAGGATTGAAGAAAATATCTTGGGCGTTTGCTTTAACTGAAGAATCCGCAGCTCTAGCATGGGGCTCAATCGATC...

XM_057946286.1
CGACGTCGTTTTTTCCTTGTTCTTCTTTAATTAAAATTAGGGTTGTCACCCGTAAACCCTCATTACACAATCTGCAGAATTCCTTCCAAATCTTGCAAGGATTGAAGAAAATATCTTGGGCGTTTGCTTTAACTGAAGAATCCGCAGCTCTAGCATGGGGCTCAATCGATCTTCCGGCAGCTCGACCTCAAAATATGATTTTGAGAGAAATCAAGAGAAGATGTGTATGTGCAAGGTTCCTGCCGTGATTTTGACGTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017517
ATGGGGCTCAATCGATCTTCCGGCAGCTCGACCTCAAAATATGATTTTGAGAGAAATCAAGAGAAGATGTGTATGTGCAAGGTTCCTGCCGTGATTTTGACGTCGAGGACGACGACAAATCCGTTTCGGCGTTATTATTGTTGTCGGTACCATCATCAGGAAATGGACTGCCGATTTTTTGATTGGATTGATCCAGAAATGTCCACATTCCAGAGAGGGTGTGTCAACAAAGTTCGACGTGAAAGAGAAATTGCAGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802269.1
MGLNRSSGSSTSKYDFERNQEKMCMCKVPAVILTSRTTTNPFRRYYCCRYHHQEMDCRFFDWIDPEMSTFQRGCVNKVRREREIAEEQIEVLQNEFKKLKCHNKRLKLIMICIIVYWAIAWM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器