Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001371

染色体: Chr01 坐标: 27055080-27057634 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001371
名称SmilChr01G001371
描述F-box/WD-40 repeat-containing protein At5g21040
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向27055080 - 27057634 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017566
GeneID131017566
locus_tag-
NCBI NameLOC131017566
原始查询SmilChr01G001371

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/WD-40 repeat-containing protein At5g21040
产物F-box/WD-40 repeat-containing protein At5g21040
ArabidopsisAT5G21040 (FBX2)
F-box protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832228]
identity=58.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0619700 (OsWD40-110)
-
identity=57.4; qcov=0.882; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0030687 (preribosome, large subunit precursor)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40); PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017566

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802354.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802354.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802354.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802354.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802354.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:27055802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr1:27055810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr1:27055849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr1:27055878 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 157 A1,A13,A14,A16,A18,A19,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B100,B101,B102,B103,B107,B108,B109,B11,B112,B113,B114,B115,B119,B121,B122,B123,B126,B127,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B23,B24,B26,B27,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B47,B49,B5,B52,B54,B56,B57,B6,B60,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B78,B80,B85,B88,B89,B9,B91,B95,B96,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C17,C19,C21,C22,C24,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C44,C45,C46,C48,C49,C51,C52,C53,C55,C60,C61,C64,C66,C67,C68,C69,C70,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C82,C83,C84,C85,D11,D3,D4
Chr1:27055888 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 138 A1,A13,A16,A18,A19,A23,A24,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B100,B101,B102,B103,B107,B108,B109,B112,B119,B121,B122,B123,B126,B127,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B24,B26,B27,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B49,B5,B52,B54,B56,B57,B6,B60,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B73,B76,B78,B80,B85,B88,B89,B9,B91,B96,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C17,C19,C22,C24,C25,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C45,C46,C49,C51,C52,C53,C55,C56,C60,C64,C66,C67,C68,C69,C70,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C82,C84,C85,D11,D3
Chr1:27055892 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 140 A1,A13,A14,A16,A18,A19,A23,A24,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B100,B101,B102,B103,B107,B108,B109,B112,B119,B121,B122,B123,B126,B127,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B24,B26,B27,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B49,B5,B52,B54,B56,B57,B6,B60,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B73,B76,B78,B80,B85,B88,B89,B9,B91,B96,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C17,C19,C22,C24,C25,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C45,C46,C49,C51,C52,C53,C55,C56,C60,C64,C66,C67,C68,C69,C70,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C82,C84,C85,D11,D3,D4
Chr1:27055898 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 138 A1,A13,A14,A16,A18,A19,A23,A24,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B100,B101,B102,B103,B107,B108,B109,B112,B119,B121,B122,B123,B126,B127,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B24,B26,B27,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B49,B5,B52,B54,B56,B6,B60,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B73,B76,B78,B80,B85,B88,B89,B9,B91,B96,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C17,C19,C22,C24,C25,C3,C30,C31,C33,C34,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C45,C46,C49,C51,C52,C53,C55,C56,C60,C64,C66,C67,C68,C69,C70,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C82,C84,C85,D11,D3,D4
Chr1:27055970 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 59 A1,A11,A18,A23,A3,A4,A7,A8,B100,B101,B102,B108,B112,B113,B119,B132,B140,B16,B19,B20,B22,B24,B27,B31,B38,B39,B42,B43,B66,B69,B73,B79,B89,B91,B95,C10,C11,C12,C13,C17,C19,C22,C25,C30,C31,C36,C4,C45,C46,C52,C53,C67,C69,C74,C76,C77,C84,C85,D11
Chr1:27055986 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 50 A1,A18,A23,A3,A4,A7,A8,B100,B101,B108,B112,B113,B132,B140,B16,B18,B19,B20,B22,B27,B31,B38,B39,B42,B66,B69,B73,B79,B91,B95,C10,C11,C12,C13,C22,C25,C30,C36,C4,C46,C52,C53,C67,C69,C74,C76,C84,C85,D11,D4
Chr1:27056028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B125,B40
Chr1:27056322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr1:27056843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802354.1
551 aa
N
1
276
551
F-box
F-box-like
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00646 F-box 75-116 aa PF12937 F-box-like 75-119 aa PF00400 WD40 162-197 aa PF00400 WD40 262-290 aa PF00400 WD40 340-370 aa PF00400 WD40 383-416 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802354.1 Pfam PF00646 F-box Domain 75 116 7.4e-07 29.5 F-box domain
XP_057802354.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 75 119 6.2e-08 33.0 F-box-like
XP_057802354.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 162 197 5.7e-27 93.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057802354.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 262 290 5.7e-27 93.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057802354.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 340 370 5.7e-27 93.7 WD domain, G-beta repeat
XP_057802354.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 383 416 5.7e-27 93.7 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946371.1
TGAAATTACTTATTCATAAATTGGTATAGTTTGTGGGAATTATGAGAAGTAGAGGGGAATATTTGAAATAATGTAAAAATAAAGGGGCGGTTGATATTGTATTAAAAAAAATGGACGCAGCACAACAACCACCACCACCACCAACCATACCGCATAAGATTACCCTAATTTTCTCCCTCTCAACTCTCCGCAAATTGCTTAGATAAACTGATCAATCTACTTCTGATTTTCCAATTCCATAGATTTTTTGTTTTCAGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017566
ATGGCATTTGAATGCCGACAGGAAACGGAAATCGGTTTAAAGAACTGCTCAAAAGAATGCTTGGATAAACTTGGAAAATCAGAACTCCTCTCCAATCAAGTTGTTTTTGTGAAGAACGGAAATACTGAATCTTTGGGGATTGAGAAGCAGCTGTCTGTATCGAAATCAAATTCCAAAATCGGGTTAAGTTTCTCTGAAGCTTTGCCCAACCAGCATTGGTCATTTTCTGATCTACCTCCAGCATTGATATCTGAAATTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802354.1
MAFECRQETEIGLKNCSKECLDKLGKSELLSNQVVFVKNGNTESLGIEKQLSVSKSNSKIGLSFSEALPNQHWSFSDLPPALISEIFNYLDPKGLGIVSCVNTSLCRLASEHRVWKDFYYERWGHPATAANLGPGGSDENSWRKLFVEREFRSKTFMGRYSIDTLYGHTEAVRTVFVLVSKKLVFTSGYDQVVRMWDLEEGLSITSSRPLGCTIRAVAADTRLLVAGGTDGFIHGWKVENGNPHLFDLRASNNQNMEFRV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器