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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001375

染色体: Chr01 坐标: 27072274-27090458 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001375
名称SmilChr01G001375
描述(+)-neomenthol dehydrogenase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向27072274 - 27090458 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017599
GeneID131017599
locus_tag-
NCBI NameLOC131017599
原始查询SmilChr01G001375

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述(+)-neomenthol dehydrogenase-like
产物(+)-neomenthol dehydrogenase-like
ArabidopsisAT3G61220 (SDR1)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825294]
identity=48.8; qcov=0.987; evalue=1.61e-93; confidence=high
RiceOs07g0685800 (OJ1150_E04.101)
-
identity=57.4; qcov=0.977; evalue=3.39e-123; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0016616 (oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor)
KEGGsmil00902 (Monoterpenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00106 (adh_short); PF08659 (KR); PF13561 (adh_short_C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017599

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057802393.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057802393.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802393.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802393.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802393.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:27072475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A21,B7
Chr1:27072483 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B104,B66
Chr1:27072483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B66
Chr1:27072520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,A23,B14
Chr1:27072530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C33,C46
Chr1:27072556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C44
Chr1:27072572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr1:27072601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr1:27072700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,C21
Chr1:27072712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,B72,C44
Chr1:27072744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,C21
Chr1:27072777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B6,B86,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802393.1
303 aa
N
1
152
303
adh_short
KR
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 10-176 aa PF08659 KR 12-96 aa PF13561 adh_short_C2 15-98 aa
XP_057802401.1
303 aa
N
1
152
303
adh_short
KR
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 10-177 aa PF08659 KR 12-96 aa PF13561 adh_short_C2 15-99 aa
XP_057802406.1
303 aa
N
1
152
303
adh_short
KR
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 10-177 aa PF08659 KR 12-96 aa PF13561 adh_short_C2 15-99 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802393.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 10 176 1.3e-34 120.1 short chain dehydrogenase
XP_057802393.1 Pfam PF08659 KR Family 12 96 2.1e-06 28.5 KR domain
XP_057802393.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 15 98 4.5e-27 95.9 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase
XP_057802401.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 10 177 4.2e-34 118.5 short chain dehydrogenase
XP_057802401.1 Pfam PF08659 KR Family 12 96 4.3e-07 30.7 KR domain
XP_057802401.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 15 99 1e-26 94.7 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase
XP_057802406.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 10 177 4.2e-34 118.5 short chain dehydrogenase
XP_057802406.1 Pfam PF08659 KR Family 12 96 4.3e-07 30.7 KR domain
XP_057802406.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 15 99 1e-26 94.7 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946423.1
AGTCTGTACATCCACAATGAATTGTTAATTTCGTGTTCAATTAGATTATATTTAACTAATGCAGCAAGTTGTGAGTTGGGACCCGACCTAAACGTCACAAATTCTCCGATAACCAAATCAAGCGCCGTCTCCTCCCTCAACAGATCCAATTTTCCCCCGCACTCGGGATTCAAAGCCAGCAATTGCATCTATGGAGCTCAATCACCCACCCACGCGATGCGCGGTGGTCACCGGAGCAAACAAGGGCATTGGTTTCGAGA...
XM_057946418.1
ATAGATTAATGTTTGTTGTTTTTCTAGTGTATCTATCCACAAAGAATATTCTTTGTTCAATCAAGATATAATTTGGCTAATGTAGCAAGTTGTGAGTTGGGACCCAACCTAAACGTCGCAAATTCTCCACTAATCAAATCAAGTGCGATCTCCTCCCTCAATCTAGATTTGCCTCGCGTTCAGGATTCTATTCAAATATCCAAAGAATTGCATCTATGGAGCTCAATCACCCACCCACGCGATGCGCGGTGGTCACCGGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131017599
ATGGAGCTCAATCACCCACCCACGCGATGCGCGGTGGTCACCGGAGCAAACAAGGGCATTGGTTTCGAGACAGTCCGGCAGCTGGCGGCGGCTGGCGTCACCGTGGTTTTGACGGCCAGAAATGAGAAGCGGGGCGTGGAAGCCGTCAACCTGCTGCAACAATCGGGTCTCTCCAATGTACTATTCCATCAGCTTGACGTACAAGATGCCCACAGCATACACTCCCTCGCCCAATTCATCCAAACGCAATTCCAAAGCCT...
LOC131017599
ATGGAGCTCAATCACCCACCCACGCGATGCGCGGTGGTCACCGGAGCAAACAAGGGCATTGGTTTCGAGACAGTCCGGCAGCTGGCGGCGGCTGGCGTCACCGTGGTTTTGACGGCCAGAAATGAGAAGCGGGGCGTGGAAGCCGTCAACCTGCTGCAACAATCGGGTCTCTCCAATGTACTATTCCATCAGCTTGACGTACAAGATGCCCACAGCATACACTCCCTCGCCCAATTCATCCAAACGCAATTCCAAAGCCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057802393.1
MELNHPPTRYAVVTGANKGIGFETVRQLAAAGVTVVLTARNEKRGVEAVNLLHQSGLSNVLFHQLDVQDAHSIHCLAQFIQTRFQSLDILVNNAGASGVHVDEDGLRAKNIDTEIWLAGKAVDMIQDVMKTTYDSAKQCIQTNYYGVKNLTEALLPLLQRSTSGARIVNVTSLRGELWRVPDERRREELGDVENLTEEKIDKILEQFLQDVQRDAIEANGWQKMLPAYSISKVTLNAYTRLVAKKHLNMYVNCVHPGYVD...
XP_057802401.1
MELNHPPTRCAVVTGANKGIGFETVRQLAAAGVTVVLTARNEKRGVEAVNLLQQSGLSNVLFHQLDVQDAHSIHSLAQFIQTQFQSLDILVNNAAATGVEVDEDGLRARNINLETWLAGKAMNVIQDVMKTTYEAAKKCIQTNYYGVKNVTEALLPLLQRSTSGARIVNVTSVSGVLSRIPDEQRREELGDIENLTEEKIDKILEQFLQDVQRDAIEANGWHKKLPAYSISKVTLNAYTRLVAKKHPNMYVNCVHPGYVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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