Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001378

染色体: Chr01 坐标: 27147069-27151710 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001378
名称SmilChr01G001378
描述probable inactive receptor kinase At5g10020
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向27147069 - 27151710 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017621
GeneID131017621
locus_tag-
NCBI NameLOC131017621
原始查询SmilChr01G001378

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive receptor kinase At5g10020
产物probable inactive receptor kinase At5g10020
ArabidopsisAT5G10020 (AT5G10020)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830865]
identity=41.1; qcov=1.06; evalue=0; confidence=medium
RiceOs07g0626500 (OJ1339_F05.125)
-
identity=40.6; qcov=1.06; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017621

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057802423.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802423.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802423.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802423.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802423.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:27147422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C31,C57
Chr1:27147896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B57,B73,B98,C36
Chr1:27147899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:27148158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr1:27148230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr1:27148315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B118,B40,C35
Chr1:27148542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,B99
Chr1:27148543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:27148553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C31,C57
Chr1:27148869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B107,B66,C38
Chr1:27148876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr1:27148898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802423.1
981 aa
N
1
490
981
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF08263 LRRNT_2 19-63 aa PF00560 LRR_1 92-111 aa PF00560 LRR_1 115-137 aa PF00560 LRR_1 265-284 aa PF00560 LRR_1 292-312 aa PF00560 LRR_1 313-335 aa PF00560 LRR_1 455-476 aa PF00560 LRR_1 481-498 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 701-900 aa PF00069 Pkinase 702-900 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802423.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 19 63 4.1e-06 27.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057802423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 92 111 2.4e-34 110.7 Leucine Rich Repeat
XP_057802423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 115 137 2.4e-34 110.7 Leucine Rich Repeat
XP_057802423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 265 284 2.4e-34 110.7 Leucine Rich Repeat
XP_057802423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 292 312 2.4e-34 110.7 Leucine Rich Repeat
XP_057802423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 313 335 2.4e-34 110.7 Leucine Rich Repeat
XP_057802423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 455 476 2.4e-34 110.7 Leucine Rich Repeat
XP_057802423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 481 498 2.4e-34 110.7 Leucine Rich Repeat
XP_057802423.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 701 900 3.4e-25 89.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057802423.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 702 900 2.7e-20 73.6 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946440.1
TGTAATGGAGATTGTTCTTGCTTGGTTAAAAAACACATTTTTACATCAACTGCGACAAAACCCTTTGGATCTGACCCATCCAAATTTTTTGTTTTCATGAATTGAATCTTGCTAGCACACAGCAACAACTATGCCAGAACAAACACACAGCGATGAGAGAGAAAGAGAGAGTAGTGTAGTGGAGCACTCGCATACACACACAACACGTAGTGGGCACTTTTTACAGTGTAAAATTCGAAGCTTGCATTGTGTACACACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017621
ATGCAGCTCATTTATTTTGTGTTATTACTTCTAGTAGACTTAGCAGTAGGAGAATCAGAGGTTGATGCACTTTTAGAACTCAAAAAGGGAATTCAGACAGAAACCTTAACAAAAGATTTTGTTTCTTGGGATTCCAACTCATTGGAATCAGATGGTTGCCCCAAGAACTGGTATGGCATCACCTGTAGCAATGGCCATGTCACTTCAATATCACTCAATCAATTAGGCCTAGCCGGAGAATTCAGTTTTCCGGCCATTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802423.1
MQLIYFVLLLLVDLAVGESEVDALLELKKGIQTETLTKDFVSWDSNSLESDGCPKNWYGITCSNGHVTSISLNQLGLAGEFSFPAISRLQMLQNLSLSNNHFTGTLTRDIGVLESLQNLDLSSNLFAGSVPHQLTSLTNLALVNISLNRMGGEIPSGFANLRQLKYLDFHSNGFVGDVMSLLGQLGGVVYVDLSCNSFSGPLDLGTADPDFMSSVSHLNVSSNNLTGELFFPHDGIPYLDSLEVFDASDNNHITGNVPSF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器