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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001385

染色体: Chr01 坐标: 27258469-27259276 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001385
名称SmilChr01G001385
描述uncharacterized SmilChr01G001385
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向27258469 - 27259276 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017655
GeneID131017655
locus_tag-
NCBI NameLOC131017655
原始查询SmilChr01G001385

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842883]; symbol=AT1G65720; hit=AT1G65720; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842883]; symbol=AT1G65720; hit=AT1G65720; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G65720 (AT1G65720)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842883]
identity=42.9; qcov=0.689; evalue=8.11e-17; confidence=low
RiceOs10g0483900
-
identity=41.4; qcov=0.475; evalue=4.46e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017655

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057802425.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057802425.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057802425.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057802425.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802425.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:27258776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr1:27258888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:27258890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr1:27259046 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:27259049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C3,C34,C7,C72,D8
Chr1:27259067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr1:27259070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946442.1
GATACTACTAATCTTTCAAACTAGTGGCTCTCAAAAAAAATCTTTCAAAGTAGTCGCATAAAATATGAATAAATAAAAGCAAGAAAAGCACGTGTTTCCCCAATATTTCTCCTCTCTCTCTCTCACTTCTCTCAAAGAATTGCGAAAATGGCGACCCTAACTCTCCCGTTCCTCCTCCTTCTCTCCTTCCTGGTCACCACCGCCTTGGCCCGCCCCTGTAAAACCCTCTTCTATTTCTCTGCCACCACCACAACCACCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017655
ATGGCGACCCTAACTCTCCCGTTCCTCCTCCTTCTCTCCTTCCTGGTCACCACCGCCTTGGCCCGCCCCTGTAAAACCCTCTTCTATTTCTCTGCCACCACCACAACCACCTATTACCCCTCCAATTCCCTCAATCGAAACCCTAACGATCCCAACTACGCCCAAATCGCAAATCCCCGCTACATCACCCTCATTTTCACCACCACCGCCGCTCCCCGATTTCCGAGCCGCCATTTCGACCGGTTCCATGAAATCGCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802425.1
MATLTLPFLLLLSFLVTTALARPCKTLFYFSATTTTTYYPSNSLNRNPNDPNYAQIANPRYITLIFTTTAAPRFPSRHFDRFHEIAQSSPSEFPLSSVSSSVRDRTMDILSVVGALLFGVGCGAVTAAVMYSLWALFNPRPVDFDEVSDDDEVILAKKYQYVPIPTQIHDDLKKAAPPAKEVV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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