当前解析结果
SmilChr01G001386| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001386 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001386 |
| 描述 | NAC transcription factor 32-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 27261744 - 27264782 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017670 |
|---|---|
| GeneID | 131017670 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017670 |
| 原始查询 | SmilChr01G001386 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC transcription factor 32-like |
| 产物 | NAC transcription factor 32-like |
| Arabidopsis | AT1G77450 (NAC032)NAC domain containing protein 32 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844081] identity=49.1; qcov=0.861; evalue=3.09e-49; confidence=medium |
| Rice | Os07g0566500 (NAC010)- identity=42; qcov=1; evalue=1.42e-46; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017670 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057802426.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802426.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802426.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802426.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057802426.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:27263085 |
CAG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 26 | A23,B110,B112,B120,B125,B134,B138,B27,B41,B45,B63,B88,B90,B92,B99,C2,C22,C34,C46,C61,C7,C72,C76,D6,D8,D9 |
Chr1:27263089 |
G |
GCA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 25 | A23,B110,B112,B120,B125,B134,B138,B27,B41,B45,B88,B90,B92,B99,C2,C22,C34,C46,C61,C7,C72,C76,D6,D8,D9 |
Chr1:27263119 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A10,B63 |
Chr1:27263138 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,C75 |
Chr1:27263170 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B32,B75 |
Chr1:27263209 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,C3 |
Chr1:27263542 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr1:27263641 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr1:27263701 |
GTT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B131 |
Chr1:27263701 |
GTT |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr1:27263742 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 20 | A21,B103,B109,B22,B34,B38,B47,B54,B56,B59,B72,B83,B96,C11,C54,C63,C67,C69,C71,C83 |
Chr1:27263788 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C10,C3,C79,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802426.1PF02365
NAM 24-148 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802426.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 24 | 148 | 1.9e-34 | 119.4 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。