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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001386

染色体: Chr01 坐标: 27261744-27264782 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001386
名称SmilChr01G001386
描述NAC transcription factor 32-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向27261744 - 27264782 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017670
GeneID131017670
locus_tag-
NCBI NameLOC131017670
原始查询SmilChr01G001386

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAC transcription factor 32-like
产物NAC transcription factor 32-like
ArabidopsisAT1G77450 (NAC032)
NAC domain containing protein 32 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844081]
identity=49.1; qcov=0.861; evalue=3.09e-49; confidence=medium
RiceOs07g0566500 (NAC010)
-
identity=42; qcov=1; evalue=1.42e-46; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017670

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057802426.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057802426.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057802426.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057802426.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057802426.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:27263085 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 26 A23,B110,B112,B120,B125,B134,B138,B27,B41,B45,B63,B88,B90,B92,B99,C2,C22,C34,C46,C61,C7,C72,C76,D6,D8,D9
Chr1:27263089 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 25 A23,B110,B112,B120,B125,B134,B138,B27,B41,B45,B88,B90,B92,B99,C2,C22,C34,C46,C61,C7,C72,C76,D6,D8,D9
Chr1:27263119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B63
Chr1:27263138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C75
Chr1:27263170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B32,B75
Chr1:27263209 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C3
Chr1:27263542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr1:27263641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr1:27263701 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B131
Chr1:27263701 GTT G 2bp_deletion CDS_variant 1 B131
Chr1:27263742 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 20 A21,B103,B109,B22,B34,B38,B47,B54,B56,B59,B72,B83,B96,C11,C54,C63,C67,C69,C71,C83
Chr1:27263788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C10,C3,C79,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802426.1
194 aa
N
1
97
194
NAM
C
PF02365 NAM 24-148 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057802426.1 Pfam PF02365 NAM Family 24 148 1.9e-34 119.4 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057946443.1
GTGTGTCCATCCATCTGTGGTATGCACGGTGAACATCGAAATTAAACGATATATATATATTTAAATAAATAAGTATAAATATTAAATAAAATTTAAATATAAATAAATATAAAATATATTTTAAAAATAGAATAAACACACCAAGTCCTCAATAAAATTTGAATTTGAAAACCTAAATTTTCAATTTTATATAAAATGTAATGATAATTATAGTTATTAAATAATTTTAAATTATTGATGTCAAGTGTGCCGTCGGTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017670
ATGGATCATCAAGAAACAGAGTCTCAAGATCAACAAATTCCGGCAGCTGTTCCAGGGAGGAACAGGTATCCGCCGGGGTTTCGTTTCCTGCCGACGGACAAGCAGCTGATTGTGGAATACTTGCAGAAGAAAATCGACAACAAGCCTATCCCCGTTCAAATTAACGAAACTTTTATCAAACATGTCAATCCTAGGGACTTAACAGCGAACAATCCAAAACTGGGAGATAACGAATGGTATTTCTTCACGCCGAGGGATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057802426.1
MDHQETESQDQQIPAAVPGRNRYPPGFRFLPTDKQLIVEYLQKKIDNKPIPVQINETFIKHVNPRDLTANNPKLGDNEWYFFTPRDWKYSNGERPDGAADTGYWKATGADKPVIVGAVILGFRRTLEFYEGKPPNGQKTVWKIHEFRVNGVARNKTSADDMRLDDWVLCRVYAKSSRVANNRKSPVQASRQGRP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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