Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001387`

染色体: Chr01 坐标: 27272328-27277179 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001387`
名称	SmilChr01G001387
描述	uncharacterized SmilChr01G001387
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	27272328 - 27277179 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017686`
GeneID	`131017686`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017686`
原始查询	`SmilChr01G001387`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821638]; symbol=AT3G20890; hit=AT3G20890; species=arabidopsis; confidence=high
产物	RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821638]; symbol=AT3G20890; hit=AT3G20890; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G20890` (AT3G20890) RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821638] identity=59.3; qcov=1.03; evalue=1.04e-72; confidence=high
Rice	`Os11g0133600` - identity=47.5; qcov=0.948; evalue=4.07e-51; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF28441 (RRM_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017686

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802427.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057802427.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057802430.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057802429.1`
5	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057802428.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:27272536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,C61
`Chr1:27272557`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C3
`Chr1:27275620`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B81,B82,B95,C25
`Chr1:27275771`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C3,D8
`Chr1:27276080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B104,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802427.1

363 aa

182

363

RRM_11

RRM_1

RRM_11

RRM_1

PF28441 RRM_11 60-138 aa PF28441 RRM_11 173-255 aa PF00076 RRM_1 174-240 aa PF28441 RRM_11 277-358 aa PF00076 RRM_1 278-345 aa

XP_057802428.1

348 aa

174

348

RRM_11

RRM_1

RRM_11

RRM_1

PF28441 RRM_11 45-123 aa PF28441 RRM_11 158-240 aa PF00076 RRM_1 159-225 aa PF28441 RRM_11 262-343 aa PF00076 RRM_1 263-330 aa

XP_057802429.1

284 aa

142

284

RRM_11

RRM_1

PF28441 RRM_11 60-138 aa PF28441 RRM_11 173-255 aa PF00076 RRM_1 174-240 aa

XP_057802430.1

193 aa

193

RRM_11

RRM_1

PF28441 RRM_11 107-188 aa PF00076 RRM_1 108-174 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802427.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	60	138	5.9e-63	210.0	RRM domain
`XP_057802427.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	173	255	5.9e-63	210.0	RRM domain
`XP_057802427.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	174	240	1.8e-21	76.5	RNA recognition motif
`XP_057802427.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	277	358	5.9e-63	210.0	RRM domain
`XP_057802427.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	278	345	1.8e-21	76.5	RNA recognition motif
`XP_057802428.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	45	123	4.8e-63	210.2	RRM domain
`XP_057802428.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	158	240	4.8e-63	210.2	RRM domain
`XP_057802428.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	159	225	1.4e-21	76.8	RNA recognition motif
`XP_057802428.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	262	343	4.8e-63	210.2	RRM domain
`XP_057802428.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	263	330	1.4e-21	76.8	RNA recognition motif
`XP_057802429.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	60	138	4e-37	127.2	RRM domain
`XP_057802429.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	173	255	4e-37	127.2	RRM domain
`XP_057802429.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	174	240	5.3e-11	42.9	RNA recognition motif
`XP_057802430.1`	Pfam	`PF28441`	RRM_11	Domain	107	188	1.4e-29	103.0	RRM domain
`XP_057802430.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	108	174	8.8e-07	29.4	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946444.1
AAAAGACGCATAGAAGAAAGAAGAGTAGAAAGAAACGTAATTCAAGAACGATAAAGCTAAATAACTTCACACAACGACGACGTTTTTTCCTGAAAAGGGCTTTCCACCATTTCCCTGTCCGCGTCGACTTGCACACAGCGCAGACGTTAGGTCACCAGATTTTGTTAAGCAAAATCCACGCATCTATTTTTCTTCAGTCCGTGTGGAAACGATGTTTTACAGAGGTAAATACGTTGATAGTGGTGATGCAAGGGAAATGG...

XM_057946445.1
AGCGGAGAAAAACTCAACTAATTATCGTAATTAATGTTCTGAATTCGGGTTAACTTTCAGCTCAATTGTTTTGATACTCCTGCCATCTAATCCTTATTTTAGATAAAAATATTTTTGGATCCAAAAGTTTTGATTCCGTTGGATTTTCTCGTAAATACGTTGATAGTGGTGATGCAAGGGAAATGGGTTTCAAACGGCAGCGTTTAATGGATCAGGGTTCTTCATATTATGGAGCTCCTGGTCCAAGTTATATGTATGAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131017686
ATGTTTTACAGAGGTAAATACGTTGATAGTGGTGATGCAAGGGAAATGGGTTTCAAACGGCAGCGTTTAATGGATCAGGGTTCTTCATATTATGGAGCTCCTGGTCCAAGTTATATGTATGATGCTCCACCTCCACCTCCTCCTGCATATTCTTATATTCCACCACCATTTCCTGTTGTCCGGCTTCGAGGCCTTCCATTTGATTGCGCAGAGGCTGAGATTGTTGACTTCTTCCATGGTCTAGATGTTATTGATGTTCT...

LOC131017686
ATGGGTTTCAAACGGCAGCGTTTAATGGATCAGGGTTCTTCATATTATGGAGCTCCTGGTCCAAGTTATATGTATGATGCTCCACCTCCACCTCCTCCTGCATATTCTTATATTCCACCACCATTTCCTGTTGTCCGGCTTCGAGGCCTTCCATTTGATTGCGCAGAGGCTGAGATTGTTGACTTCTTCCATGGTCTAGATGTTATTGATGTTCTGTTTGTTCACAAGGGTGGCAAGTTTACAGGAGAAGCTTATTGTGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057802427.1
MFYRGKYVDSGDAREMGFKRQRLMDQGSSYYGAPGPSYMYDAPPPPPPAYSYIPPPFPVVRLRGLPFDCAEAEIVDFFHGLDVIDVLFVHKGGKFTGEAYCVLGYPLQIDFALQRNRQNIGRRYVEVFRSRKEEYYKAIANEVFDAPGGSPRRGAPRARSTDERDLSEFKGVLRLRGLPFTATKEDIINFFKDFDLSEDKVHLIANSEGRPAGESFVEFGSPEDSKAAMSKDRMTLGYRYIELFPASREELEEAASRGRL...

XP_057802428.1
MGFKRQRLMDQGSSYYGAPGPSYMYDAPPPPPPAYSYIPPPFPVVRLRGLPFDCAEAEIVDFFHGLDVIDVLFVHKGGKFTGEAYCVLGYPLQIDFALQRNRQNIGRRYVEVFRSRKEEYYKAIANEVFDAPGGSPRRGAPRARSTDERDLSEFKGVLRLRGLPFTATKEDIINFFKDFDLSEDKVHLIANSEGRPAGESFVEFGSPEDSKAAMSKDRMTLGYRYIELFPASREELEEAASRGRLMSKSFEGKDTSEPTP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器